ח'ליפה נאטור גדל בקלנסווה שבמשולש, הילד ה-13 במשפחה בת 14 ילדים. אביו היה בעל חנות כלבו בכפר ואמו עבדה בחקלאות במקביל לטיפול בילדים. כבר מילדותו היה פעיל בדרמה במרכז החינוכי בכפר ומשזה נסגר מחוסר תקציב, הוא בנה במה קטנה בכפר, התחיל לכתוב, לביים ולשחק ביחד עם חבריו והם הוזמנו להופיע באירועים.
בגיל 18 עזב את הכפר, עבר לכפר סבא, עבד כמטפל בזקנים בבתי אבות וכברמן וחסך כסף ללימודי המשחק. למד בבית צבי, בו קיבל תפקידים ראשיים רבים – ביניהם אותלו ב"אותלו" וטימון ב"טימון איש אתונה", וסיים את לימודיו ב-1991. בבית צבי הכיר את הבמאית אופירה הניג שביימה את ההצגה "הסוחר מוונציה", ומאז שיחק בהצגות רבות בבימויה. מייד בתום לימודיו התקבל לתיאטרון הבימה, בו שיחק בשנים 1991–1994 במספר הצגות, הראשונות שבהן הייתה "פצפונת ואנטון", בבימויה של אופירה הניג ו"קרב של שחור וכלבים" בבימויו של רוני פינקוביץ'.
נאטור שיחק בהצגה "ג'ידאריה" (ציור קיר), המבוססת על פואמה מאת מחמוד דרוויש, בבימויו של ניזאר זועבי, שהציגה בתיאטרון אל חכוואתי - התיאטרון הלאומי הפלסטיני בירושלים. היצירה מספרת על משורר בערוב ימיו, שנתקף בחרדה ומנסה להיזכר בחייו. הוא מפנטז על שירים שלא כתב, על אהבה שלא התממשה ומנסה לתהות על משמעות המוות. נאטור היה שותף לעיבוד הפואמה. ההצגה הציגה בחו"ל, בין היתר - בתיאטרון בוף דה נור של פיטר ברוק.
נאטור כיכב בהצגת היחיד "בטווח יריקה". כותב ההצגה הוא השחקן הפלסטיני טאהר נג'יב. הבמאית אופירה הניג הזמינה אותו להשתתף בהצגה "פרגודים", שביימה בהבימה. נג'יב טס לישראל מפריז בה התגורר, היה זה יום לאחר פיגועי 11 בספטמבר, ונג'יב כתב את המחזה שתיאר את התלאות שעבר בדרכו לישראל. הופעת הבכורה של "בטווח יריקה" הייתה בתיאטרונטו מספר 16, שנערך במרכז סוזן דלאל. נאטור זכה על משחקו בפרס הראשון ע"ש נסים עזיקרי, באפריל 2006. השופטים, הבמאים שיר פרייבך, אלדד שאולי ואילן אלדד, כתבו בנימוקי ההחלטה שלהם:
"הפרס מוענק בעבור הופעתו מלאת החן, הרגש, ההומור, האנושיות והתבונה של נאטור, שהשפעתם ממשיכה להדהד בחדרי הנפש והשכל זמן רב אחרי תום ההצגה. באמצעים מינימליסטיים, ותוך הזדהות אמינה עם החומר התיאטרלי, יצרו השחקן ושותפיו לעבודה הצגה חזקה ומדויקת. הופעתו מהווה דוגמה מופתית ליכולתו של שחקן לנצל את המנדט של הצגת יחיד, תוך שהוא משתמש ביכולותיו המקצועיות ובאישיותו הכובשת."
ההצגה הועלתה בתיאטרון של פיטר ברוק בפריז, במרכז הברביקן בלונדון, בפסטיבל רומא - אירופה, באופרה של סידני, בתיאטרון השאוביהנה בברלין ועוד. ההצגה נוצרה בידי אופירה הניג בשיתוף ובהשתתפות ח'ליפה נאטור ומעצב התאורה ג'קי שמש.
פיטר ברוק שהיה אורח פסטיבל ישראל, צפה בהצגה "בטווח יריקה" והתלהב. מאותה עת נאטור והניג הסתובבו עם ההצגה ברחבי תבל במשך שנתיים. נאטור הוזמן לשחק בהצגות של פיטר ברוק ועבד איתו בסדנאות ובשתי הפקות בשנים 2007–2010.
ב-2007 נאטור שיחק באחד התפקידים הראשיים בסרטו של ערן קולירין "ביקור התזמורת". הוא גילם את דמותו של סימון, נגן תזמורת המשטרה של אלכסנדריה, שמבקרת בעיירה הדמיונית "בית התקווה". ביחד עם חלק מחברי הלהקה הוא מבלה את הלילה בארוחת ערב בבית משפחה ישראלית. במהלך שהותו בבית המשפחה הוא מצליח לעשות את מה שנכשל בו מזה שנים – לסיים את הלחנת הקונצ'רטו הראשון שלו. הסרט היה מועמד ל-13 פרסי אופיר וזכה ב-8.
באפריל 2012 החל לשחק בהצגה "אנשים קשים" פרי עטו של יוסף בר-יוסף, בבימויו של משה נאור, שמוצגת בתיאטרון חיפה. ההצגה מספרת על רחל (הלנה ירלובה), רווקה אנגלית מבוגרת, שאחיה (משה איבגי) השב מביקור בישראל מביא איתו חתן מיועד (אליעזר (לייזר) ויינגרטן, אותו משחק נאטור). בין לייזר לרחל מתפתח קשר, אולם אחיה משבש אותו. בהצגה משחק גם סלים דאו. הוא מועמד על תפקידו לפרס התיאטרון הישראלי לשחקן המשנה.[1]
נאטור מככב בתפקיד הראשי של יוליסס בהצגה "יוליסס על בקבוקים" בבימויה של אופירה הניג, בתיאטרון חיפה. הוא היה מועמד על תפקידו לפרס התיאטרון הישראלי לשחקן בתפקיד הראשי, ההצגה ומחברה (גלעד עברון) זכו בפרסי התיאטרון.
נאטור זכה בפרס התיאטרון הישראלי לשחקן המשנה לשנת 2013 על תפקידו בהצגה "רוח ים" של תיאטרון חיפה.
