ב-1944 החליטה לעלות לארץ, אולם לא הצליחה להשתלב בחיי המוזיקה בה, ככל הנראה עקב נטייתה להתבדל מן השאיפה שהייתה אז מקובלת בישראל לגבש סגנון מוזיקלי ישראלי אוריינטלי.
יצירותיה בוצעו לעיתים נדירות החל מאמצע שנות ה-60 ולא הוצעה לה משרה. היא התפרנסה בעיקר כמורה לפסנתר; על תלמידיה נמנים עדו אברבאיה, בנימין פרל ויהודית כהן.
שלונסקי שלחה כתבות רבות לעיתונים "על המשמר" ו"דבר". הכתבות נכתבו ברוסית, תורגמו בידי אחיה אברהם ועסקו בביקורת מוזיקלית ובתיעוד מפגשים שלה עם בכירי המוזיקה של המאה ה-20.
ורדינה שלונסקי נפטרה בשנת 1990 בתל אביב, בגיל 85, עניה וערירית. שלונסקי תרמה את ארכיונה בשנת 1987 לספרייה הלאומית. הארכיון כולל את תכתובתה עם מוזיקאים מפורסמים רבים - למעלה מ-300 מכתבים.
השיר "פואמה עברית", שהיה אופוס 1 שלה ונכתב בשנת 1932 לזכר אביה, זיכה אותה בפרס בפריז, פרס שנועד לנשים בעלות מקצועות חופשיים. אברהם שלונסקי כתב מילים לשיר, שהולחן תחילה ללא טקסט. מחזור השירים, שכלל שיר זה ועוד חמישה משירי אברהם שלונסקי הופיע בדפוס בשנת 1933 בשם "תמונות ארץ-ישראליות".
ביצירה סריאלית לתזמורת קאמרית, "אאופוניה" ("נועם מצלול") משנת 1967 ורדינה שלונסקי מנצלת כל טכניקה אפשרית בנגינה בכלי קשת. בשנת 1979 עיבדה והרחיבה יצירה זו, שהייתה הראשונה שלה בשיטת השורה, בהרכב המקורי.
ביצירותיה הבאות גילתה המלחינה העדפה ברורה להרכבים קאמריים שונים, הכוללים לעיתים גם נבל וכלי הקשה. היא חיברה גם יצירות רבות לפסנתר.
בישראל זכתה בשני פרסי אקו"ם על פועלה המוזיקלי - בשנת 1973 וב-1984 למפעל חיים.
יהודה כהן נעימי זמירות ישראל: מוזיקה ומוזיקאים בישראל, תל אביב: עם עובד, 1990
גני אויזרט-לוין, ורדינה שלונסקי – סיפור של מלחינה: "מי שלא מסתכל ולא רואה, אז אפשר רק להגיד שחבל ---", עבודת גמר (מ"א), האוניברסיטה העברית בירושלים, 2006
