ב-1920 נוסדה ההסתדרות הכללית של העובדים העברים בארץ ישראל, במטרה לאגד "את כל העובדים החיים על יגיעם מבלי לנצל עבודת זולתם, לשם סידור כל העניינים היישוביים, הכלכליים והתרבותיים של המעמד העובד בארץ לבניין חברת העבודה העברית בארץ ישראל"[2]. אמנם הנהגת ההסתדרות הייתה חסרת זיקה ספורטיבית, אך כאשר הקימו חברים מן השורה את התאגדות הפועל אימצה אותו ההסתדרות לחיקה. מועדון הספורט הראשון של ההתאגדות היה הפועל תל אביב, שהוקם בקיץ 1923 וכלל מחלקות כדורגל, התעמלות ואתלטיקה. המועדון לא האריך ימים והתפרק כעבור שנה וחצי, וב-1924 נוסד מועדון הפועל חיפה. ב-1925 נכשל ניסיון נוסף להקמת הפועל תל אביב, אך שנה לאחר מכן הוקם המועדון בשלישית, והפעם הצליח להתבסס[3].
בניגוד לתנועת מכבי, שמה התאחדות הפועל את הדגש לאו דווקא על שיאים אולימפיים ויופי התרגילים אלא על שיתוף פועלים במספר גדול ככל האפשר בפעילויות ספורטיביות (לפי מטרה זאת נקבעה הסיסמה: "ספורט לאלפים ולא לאלופים"), על מנת לשפר את בריאות גופם ולתקן את הנזקים הנגרמים לגוף מעבודה ממושכת בתנאים קשים. לכן, התרכזה בעיקר בענפי ההתעמלות והאתלטיקה הקלה. לגבי הכדורגל הייתה מחלוקת: היו שטענו שהכדורגל תוקפני מדי, גורם לתחרותיות יתר ולקנאות. לעומתם טענו אחרים כי הכדורגל מטפח דווקא תכונות חיוביות כמו אומץ לב וחברות, והוא מושך המונים לשדה הספורט. הכדורגל הפך בסופו של דבר לענף ספורט של הפועל, אך הוחלט להקפיד על כללי התנהגות השחקנים בזמן המשחק.
האיגוד עומד מאחורי סניפים וקבוצות של הפועל בישראל ותומך באלפים מן הספורטאים החברים בו. האיגוד מקיים אירועי ספורט רבים, את הליגה למקומות עבודה ואת הספורטיאדה בה מתחרים זה בזה ספורטאים ממקומות עבודה. בסך הכל פועלות תחת הפועל קרוב ל-1000 קבוצות נוער בענפי ספורט שונים, למעלה מ-300 קבוצות בוגרות, וכ-700 אגודות.
בקיץ 1988, במסגרת רפורמה שנערכה בהסתדרות הכללית, הוחלט שפעילות קבוצות הספורט המקצועיות בענפי הכדורגל, כדורסל, כדוריד וכדורעף תופעל באמצעות עמותות עצמאיות, בתקציב עצמאי. זאת לאחר שבמשך השנים נדרשו עבורם תקציבים הולכים וגדלים, שאותם סבסדה ההסתדרות באמצעות מרכז הפועל[6]. עם זאת בקיץ 1989 החליט מזכ"ל ההסתדרות ישראל קיסר לספק סיוע כלכלי לקבוצת הכדורגל הפועל תל אביב שנקלע למשבר כלכלי[7]. למרות הניסיונות לשפר את מצבו הכלכלי של מרכז הפועל, הוא צבר גירעונות וחובות של כ-20 מיליון שקל של במהלך שנות ה-90 של המאה ה-20[8]. בנוסף היה ערב לחובות של קבוצת הכדורסל הפועל תל אביב[9].
בסוף שנות ה-90 מכרה ההסתדרות נכסים רבים בכדי לכסות גירעונות במוסדותיה, כולל מרכז הפועל[10]. בין הנכסים שנמכרו ליזמי נדל"ן היו אצטדיון המכתש ואצטדיון האורווה[11]. מרכז הפועל הפסיק להיות מעורב ישירות בקבוצות הספורט המקצועיות שלו בענפי הכדורגל והכדורסל (הנמצאות בבעלות עמותות או אנשי עסקים פרטיים) ומאז מתרכז בעיקר בקידום ותיקצוב, פעילות ספורט עממי, פעילות ספורט במקומות עבודה ותמיכה בספורטאי עלית השגיים בענפי, האתלטיקה, התעמלות, שחייה, שייט וסייף[12]. בנוסף תומך "הפועל" במשלחת ישראל לספיישל אולימפיקס, לבעלי מוגבלויות[13].
החל משנת 2005 מספק מרכז הפועל תמיכה ל"ליגת מאמאנט" לנשים בכדורשת.
בשנת 2009 הקים מרכז הפועל את "ליגת רצים בעבודה", במטרה לקדם את הריצה כספורט עממי בקרב עובדים במקומות עבודה תוך כדי קידום בריאות העובדים[14].
בשנת 2018 החליטו שר האוצר משה כחלון ושרת התרבות והספורט מירי רגב שהעברת כספי הטוטו תתבצע באופן בלעדי דרך משרד הספורט, ולא דרך מרכזי הספורט, כולל מרכז "הפועל"[15].
באוגוסט 2021, העניק מרכז הפועל לאלופה האולימפית לינוי אשרם, חברת מועדון ההתעמלות הפועל ראשון לציון, פרס על סך של 100 אלף ש"ח, בעקבות זכייתה במדליית הזהב באולימפיאדת טוקיו 2020. בנוסף העביר מענק על סך 40 אלף ש"ח למאמנת המועדון איילת זוסמן[16].
כינוס הפועל הוא אירוע ספורט לאומי ובינלאומי שהיה נערך אחת לארבע שנים בחסותה של התאגדות הפועל. בראש המועצה הציבורית של הכינוס עמד המזכיר הכללי של הסתדרות העובדים הכללית. הכינוס הראשון נערך בשנת 1928, והכינוס ה-15 והאחרון נערך בשנת 1995.
סמל זה משמש בגרסה כזו או אחרת את כל המועדונים וקבוצות הספורט הנמצאים בארגון, והוא שילוב של דמותו של ספורטאי עם סמל הפטיש והמגל שהיו סמלה של המפלגה הקומוניסטית הסובייטית - האיכרים - מגל, ופועלי התעשייה - פטיש.
הסמל הראשון עוצב על ידי פנחס ליטוינובסקי, ואושר לראשונה על ידי מרכז הפועל ב-28 בפברואר 1927. לטענתו הסמל אמור להבליט חידוש ולקבוע דרך חדשה בחיי הספורט בארץ, סמל זה היה בשימוש 5 חודשים בלבד.
הסמל השני צויר על ידי יעקב לוית (בשמו הלועזי יאן לה-ויט - Jan Le Witt) והופיע לראשונה על גבי "עלון לענייני ספורט הפועלים" שיצא מטעם מרכז הפועל ב-3 ביולי 1927. הסמל שילב לראשונה את נושאי העבודה של הפועלים (הפטיש) והספורט (כדור ברזל).
הסמל השלישי שדומה כבר מאוד לסמל המוכר כיום, עוצב ושוכלל על ידי לוית בעצמו שלא היה מרוצה מהסמל הקודם שעיצב, ובו מופיע ספורטאי בתוך מסגרת העשויה פטיש ומגל והכיתוב "הפועל" מתחת. הסמל קיבל אות הצטיינות באולימפיאדת הפועלים בווינה ב-1931, בתחרות בין סמלי יתר ארגוני הספורט שהשתתפו.
ב-1967 חידש את הסמל הצייר והאומן חובב כרובי - עם קווים מודרניים ומשורטטים יותר, וזה בעצם הסמל המוכר כיום.
הסמל משולב עם הצבע האדום שכאמור מייצג את התנועה ומבטא את השקפתה שכל בני האדם שווים ואותו דם זורם בהם.
הסמל הראשון של ליטבינובסקי, 1927
הסמל השני של לוית, 1927
הסמל השלישי של לוית, 1931
הסמל הרביעי של כרובי, 1967, עליו מבוסס הסמל המודרני
