באליפות ישראל שנערכה בשנת 1989 זכה מרגלית לראשונה במדליית זהב בקפיצה לגובה בתוצאה של 2.07 מטר. בחמש השנים הבאות הוא הגן על תוארו זה ובסך הכל זכה 6 פעמים ברציפות באליפות ישראל בקפיצה לגובה.
המכביה ה-13
בתחרויות האתלטיקה של המכביה ה-13 שנערכו ביולי אותה שנה זכה מרגלית במדליית ארד בתוצאה של 2.08 מטר, אחרי רביד רויף בן ה-17 (2.11 מטר) ומוריס סקוט (2.08 מטר), שניהם מארצות הברית.
באליפות אירופה באתלטיקה שנערכה בהלסינקי שבפינלנד בשנת 1994 סיים מרגלית במקום 19 בקפיצה לגובה בתוצאה של 2.15 מטר.
1997
באליפות העולם באתלטיקה באולם שנערכה בפריז שבצרפת ב-8 במרץ1997 סיים מרגלית במקום בקפיצה לגובה בשיא ישראלי חדש של 2.20 מטר. באליפות ישראל באתלטיקה שנערכה בהדר יוסף בקיץ אותה שנה הוא זכה במדליית זהב בקפיצה לגובה בשיא ישראלי חדש של 2.24 מטר.
1998
באליפות אירופה באתלטיקה באולם שנערכה בוולנסיה שבספרד במרץ 1998 סיים מרגלית במקום 9 בקפיצה לגובה בתוצאה של 2.22 מטר. באליפות ישראל באתלטיקה שנערכה בקיץ באותה שנה הוא זכה במדליית זהב בפעם השמינית שלו, בקפיצה לגובה בשיא אישי חדש של 2.27 מטר ובאליפות אירופה באתלטיקה שנערכה בבודפשט שבהונגריה בסוף אוגוסט אותה שנה הוא סיים במקום 18 בקפיצה לגובה בתוצאה של 2.15 מטר.
בבדיקת שתן שנערכה בשנת 1999 נמצא אצל מרגלית סטרואיד אנאבולי, ננדרולון. הפיזיולוג שלו, מולי אפשטיין, טען כי במדובר בתוסף מזון מזוהם, ואחרי שנתיים של בדיקות מעבדה והליך ממושך, התברר שצדק והוא זוכה מכל אשמה.[1][2].