במקום התקיים יישוב יהודי בתקופת המשנה, תקופת התלמוד וימי הביניים בשם כפר מנדי, המוזכר במקורות מהתקופה הרומית והביזנטית. משנת 640, בעת הכיבוש הערבי, תושבי הכפר הם מוסלמים. לפי הגאוגרף האסלאמי הידוע יאקות אל-חמאווי שחי בתחילת המאה ה-13, המקומיים סיפרו שכפר מנדא הוא מדין, וכי בו מצויים קבר ציפורה, בת יתרו כהן מדין ואשת משה, וגם הבאר המוזכר כמקום המפגש של ציפורה ומשה. כמו כן, סופר שנפתלי ואשר קבורים שם.
בשנת 1970 נסללו 7 הקילומטרים הדרומיים של כביש 784 שחיברו את הכפר עם כביש 79[4].
בנובמבר 2020 הגישה פרקליטות המדינה כתבי אישום בשל פרשת שוחד בבחירות למועצה ב-2018.[5]
כיום
ביישוב אחד עשר בתי ספר: שישה בתי ספר יסודיים, שתי חטיבות ביניים, שני בתי ספר תיכוניים[6] ובית ספר של חינוך מיוחד. כמו כן, ישנם ביישוב בית הקשיש, מתנ"ס, משטרה קהילתית, סניף בנק וחמישה מסגדים. אחרי אירועי אוקטובר 2000 הכפר התפתח כלכלית והפך למרכז מסחרי לכפרים הקרובים והמושבים הסמוכים.