קבוצת "בית ונחלה" שאפה לעסוק בחקלאות והקימה את המושבה החרדית שהפכה לעיר בני ברק על אדמות שנקנו באמצעות חברת גאולה מהכפר הערבי הסמוך "אבן איברק" שהחליף את שמו לאל חירייה כדי לבדלו מהמושבה היהודית.
בבחירות שנערכו בתשרי תרפ"ה (1924), כשנה לאחר העלייה לקרקע, נבחר גרשטנקורן לראש הוועד הראשון של המושבה וכיהן בתפקיד זה מספר שנים. בסוף 1924, לאחר הבחירות, הוא יצא לחוץ לארץ להשתדל למען המושבה[3]. בשובו, בתחילת פברואר 1925 הוא נתקבל במושבה בטקס כבוד כשילדי המושבה נושאים דגלי ישראל[4]. בתחילת 1925 נבחר לוועד קהילת יהודי יפו ותל אביב[5].
היה ממייסדי ומראשי בנק בני ברק שנועד למימון פיתוח המושבה ופעל רבות בארץ ישראל ובעולם לגיוס כספים עבור הבנק[6].
בשל משבר בוועד המושבה, התפטר גרשטנקורן מראשות הוועד. והחליף אותו הרב המקומי נחמן שמואל יעקב מיודסר. כאשר קיבלה בני ברק מעמד של מועצה מקומית, בשנת תרצ"ז (1937), מונה לעמוד בראש המועצה יעקב פרבשטיין. בבחירות הראשונות למועצה, שנערכו לאחר שנתיים בתרצ"ט (1939), נבחר יצחק גרשטנקורן לעמוד בראש המועצה. בתפקיד זה כיהן עד לשנת תשי"ד (1954).
על שמו רחוב במרכז בני ברק - שנקרא רחוב בן פתחיה, ולאחר מותו הוחלט להנציחו ברחוב "שדרות גרשטנקורן". בנו, אלעזר גור, היה רב-סרן בצה"ל, שליח עלייה בצרפת וחבר קיבוץ בית אורן[9]. חתנו ישראל ברוק היה בנו של הרב חיים שאול ברוק. נכדו מבן אחר היה הרב ישראל אריה גרשטנקורן. נכד נוסף הוא ישעיהו ארנרייך, ששימש כראש מועצה מקומית עמנואל וכסגן ראש העיר בית שמש.
מדי שנה עורכת עיריית בני ברק, תחרות לספרות תורנית, ומתוך עשרות ספרים המגיעים למזכיר העירייה זוכים כחמשה במלגה כספית, הפרס נושא את שמו של הרב ומכונה: "פרס הרב גרשטנקורן".
