בשנת 1990 העלה בר גיורא ב"תיאטרון פרגוד" הירושלמי מופע יחיד בשם "אשמח להפגש אתך אחרי המגפה", אותו כתב, הלחין וביצע. המופע רץ תקופה ארוכה בפרגוד. עם אחת הדמויות במופע, נגן-המעליות מישל קליידרלאסט, המשיך אחר כך למופע יחיד בפסטיבל ישראל ("מופע המעליות של מישל קליידרלאסט"), במסגרתו עמד קליידרלאסט במעלית עם אורגנית קסיו קטנה וניגן גרסאות של 20 שניות (הזמן הממוצע בו שוהה אדם במעלית) לשירים פופולריים. דמותו של קליידרלאסט המשיכה להתקיים במרחב התקשורתי בטור הסאטירי "אתם שואלים – קליידרלאסט עונה" שהתפרסם בעיתון כל העיר בירושלים.
בשנת 1991 העלה את מופע הרוק "אירוע מוחי", שבו בוצעו לופים אלקטרוניים בהופעה חיה, כתשובה לחרדת המוזיקאים מפני השתלטות מכונות התופים והסמפלרים על שוק המוזיקה. בשנת 1992 העלה בשיתוף עם הזמר והיוצר האמריקאי ג'ונתן ליכט את המופע הקודר "הקרנבל של ג'סי".
בשנת 1993 כתב (בשיתוף עם אתגר קרת) והלחין את "מבצע אנטבה – המחזמר" שזכה בפרס ההצגה הטובה ביותר בפסטיבל עכו. ב-1994 יזם, עיבד והפיק מוזיקלית את המופע "ים של בלוז", גרסאות בלוז ללהיטים ים תיכוניים, בביצוע רביעייה. מופע הבכורה בפסטיבל עכו שודר בשידור ישיר בערוץ 2. המופע המשיך לרוץ כשנה על במות ברחבי ישראל. ב-1995 התנסה לראשונה בכתיבת פסקול, בסרטו של בועז רימר "דבק מטורף". במהלך שנות ה-90 המשיך להופיע כנגן ג'אז וקלידן ושימש כמנהל מוזיקלי בתוכניות טלוויזיה שונות. ("עד עשר"-עם מרב מיכאלי, ועוד). בנוסף עסק בכתיבת תסריטים וסאטירה ובכתיבת מוזיקה להצגות
רבות. בסוף שנות ה-90 החל שיתוף הפעולה הפורה עם הזמר והשחקן יוסי בנאי, בעבודה על אלבומם המשותף הראשון "פגישה לאין קץ" (1999). האלבום כולל קטעי קריאה של שירי נתן אלתרמן בליווי מוזיקה מקורית שנכתבה במיוחד לפרויקט על ידי בר גיורא. עוד באותה שנה הגיעה ההצעה להלחין את סרטו של יוסף סידר – "ההסדר", הצעה אשר הובילה בשנים אחר כך להתמקדות בכתיבת מוזיקה לתמונה. בר גיורא היה מועמד חמש פעמים לפרס האקדמיה על עבודתו כמלחין קולנוע. במקביל המשיך בר גיורא לעבוד עם יוסי בנאי על שני אלבומי אולפן נוספים, "לאט" (2001) ו"יוסי בנאי קורא תהלים" (2005).
בר גיורא עיבד מוזיקלית את גרסת הכיסוי לשיר חשמל בכפות ידיך שהיה לשיר הנושא של הסרט "מדורת השבט" משנת 2004. השיר מופיע פעמיים במהלכו, פעם בביצוע המקורי של נבון משנת 1974, ופעם בגרסה חדשה של ריקי גל, שעיבד והפיק מוזיקלית במיוחד לסרט. גרסה זו מופיעה במלואה על כותרות הסיום.[1][2]
בספטמבר 2009 יצא הדיסק-ספר אומר שירי אהבה, הכולל 29 שירים של יהונתן גפן המוקראים על ידו, ואשר עטופים במוזיקה שנכתבה ועובדה במיוחד לפרויקט על ידי בר גיורא. בשנת 2016, במלאת 10 לפטירתו של יוסי בנאי, הוציאה הליקון (חברה) את הסינגל "אמרתי לך שיהיה כך – ולא האמנת" (מילים – יהודה עמיחי, לחן ועיבוד – יונתן בר גיורא) שהוקלט על ידי יוסי בנאי בשנת 2002 ומעולם לא יצא לפני כן. השיר צורף למהדורה מחודשת של לאט. בקיץ 2018 נערכה בארבעה סינמטקים ברחבי הארץ (ירושלים, תל אביב, חולון וחיפה) רטרוספקטיבה מקיפה לסרטים שהלחין בר גיורא. באוגוסט 2018 יצא בהליקון (חברה) מיוזיק האלבום "תֵּמוֹת", אוסף ראשון של מוזיקה שהלחין בר גיורא לסרטים. בתחילת 2020 הקדישה התזמורת האנדלוסית הישראלית אשדוד קונצרט ליצירותיו של בר גיורא, במסגרת מופע "פסקול הלב". בסוף 2020 זכה בר גיורא בפרס המוזיקה המקורית הטובה ביותר של פורום היוצרים הדוקומנטריים על עבודתו בסרט להאיר את יוסי.