בשנים 2006–2009, בתקופת כהונתה של ציפי לבני כשרת החוץ, היה בקר אחד מיועציה ואנשי סודה הקרובים ביותר בנושאים דיפלומטיים ומשפטיים, ושימש ראש צוות המשא ומתן של ישראל בוועידת אנאפוליס ב-2007.
לאחר שסיים תואר באמנויות במלבורן, עם התמחות במשפט בינלאומי, עבר בקר לישראל ב-1994. בראיון ל-Sydney Morning Herald אמר בקר שהוא רוצה "להיות חלק מהעתיד של עמו".[4] בקר הגיע לישראל בזמן הדיונים על הסכמי אוסלו. לישראל היה מחסור בעורכי דין בינלאומיים דוברי אנגלית, ובקר מונה ליועץ המשפטי של אוגדת עזה בצבא הגנה לישראל כדי לבנות את מנגנוני היסוד לשיתוף פעולה כלכלי וביטחוני בין ישראל לרשות הפלסטינית החדשה שנוצרה. במהלך שירותו הצבאי היה מעורב גם במשא ומתן על "מעבר בטוח" בין יהודה ושומרון לרצועת עזה.[3]
בשנת 1998 הצטרף בקר למשרד החוץ והיה יועץ משפטי למשלחות הישראליות במאמצי תהליך השלום שלאחר מכן. במהלך פסגת קמפ דייוויד בשנת 2000, הוא נקרא מדי יום על ידי המשלחת הישראלית לייעוץ משפטי בנושא גבולות ופליטים. בשנת 2001 נסע בקר לניו יורק כדי לקבל את הדוקטורט שלו באוניברסיטת קולומביה ולשמש כיועץ משפטי בנציגות הישראלית באומות המאוחדות, והגיע שבוע לפני פיגועי 11 בספטמבר . אז כינה סגן נציג קבע ישראלי באו"ם, אריה מקל, את בקר "המקצוען החשוב ביותר במשלחת". שגרירים זרים היו שולחים לעיתים קרובות את נאומיהם לבקר להערה. בשל קשריו והיכרותו עם חוקרי משפט בינלאומיים, הוא נבחר לסגן יו"ר הוועדה המשפטית של העצרת הכללית של האו"ם בשנת 2003, הישראלי הראשון בתפקיד כה גבוה מזה יותר מ-40 שנה.[3]
בתקופת כהונתה של ציפי לבניכשרת החוץ הישראלית בין השנים 2006 ל-2009, היה בקר אחד מיועציה ואנשי סודה הקרובים ביותר בנושאים דיפלומטיים ומשפטיים. ביולי 2006 הוא כתב הצעה ל"יציאה דיפלומטית" ממלחמת לבנון השנייה שהפכה בסופו של דבר לבסיס להחלטת מועצת הביטחון של האו"ם 1701, שסיימה את המלחמה. לאחר המלחמה תלה בקר עותק ממוסגר של ההחלטה במשרדו אך בצורה מעט עקומה, כדי לא לשכוח ש"ההחלטה הייתה רחוקה מלהיות מושלמת".
הוא היה מראשי צוות המשא ומתן של ישראל בוועידת אנאפוליס ב-2007, כאשר לבני הייתה ראש צוות המשא ומתן, ובקר ניהל משא ומתן רב עם נציג הפלסטינים סאיב עריקאת ב-2008 בנושא הפליטים, ופיתח קשרים חיוביים עם עמיתיו הפלסטינים. הערות בנוגע לשיחות של עריקאת ובקר הודלפו מאוחר יותר במסגרת המסמכים הפלסטיניים (אנ'). על פי ניתוח של אל-ג'זירה באנגלית של הערות פלסטין, בקר היה "דמות משפיעה מאחורי הקלעים" במהלך פגישות עם פלסטינים.[5]
לאחר שעזב את השירות הממשלתי, בקר היה עמית בכיר במכון וושינגטון למדיניות המזרח התיכון מ-2010 עד 2012. עד 2013 הוא חזר לממשלה כסגן יועץ משפטי ראשי ולאחר מכן כמנהל המשפט הבינלאומי במשרד החוץ הישראלי.