בית החולים של המיסיון נחנך בשנת 1844 בשולי הרובע היהודי, צמוד למתחם הפרוטסטנטי של כנסיית המשיח. הוא נקרא בתחילה "בית החולים היהודי" במטרה מוצהרת לשמש חולים יהודים בלבד כדי לנצרם. פתיחתו עוררה התנגדות עזה בקרב היישוב הישן ואף גרמה להכרזה על חרם על כל מי שיעז להיכנס אליו. על אף החרם, היו לא מעט יהודים שביכרו את הטיפול הרפואי האיכותי שניתן בבית החולים של המיסיון על פני הרפואה הפרימיטיבית שסופקה במוסדות רפואיים (או סמי-רפואיים) אחרים בירושלים.
הבניינים ברחוב הנביאים נבנו בשנים 1895–1896 על פי תכנונו של האדריכל הבריטי ברספורד פייט (Beresford Pite), ונחנכו ב-13 באפריל1897. הבנייה היא בסגנון קולוניאלי בריטי. במרכז: מבנה מרכזי מפואר הקרוי אגף קנוויי (Kennaway) ששימש את המינהלה, ומצידיו ארבעה ביתנים עבור מחלקות החולים, מחוברים באמצעות מעבר מקורה בצורת חצי עיגול. שני מבנים דו קומתיים נוספים עם כיפות אבן. האחד שימש למרפאה ולבית המרקחת והשני את בית הרופא.
בסמוך לבית החולים שכן בית הספר לבנות של המיסיון האנגליקני - ברחוב הנביאים פינת רחוב פינס, אשר נבנה על ידי אותה אגודה הלונדונית להפצת הנצרות בקרב היהודים, בתכנונו של האדריכלקונרד שיק. בניין זה נודע לאחר מכן כ"בית הדגל".
במלחמת העצמאות, עם הפיכת הר הצופים למובלעת בשטח ממלכת ירדן, עבר בית החולים הדסה אל בנייני בית החולים האנגלי ואל בניין בית הספר לבנות הסמוך לו. בשנת 1963 עבר בית החולים הדסה למשכנו בעין כרם, והמבנים של בית החולים הוחזרו לבעליהם המקוריים. מאז שוכן במקום בית הספר האנגליקני (The Anglican School) שהוא בית ספר פרטי, ולומדים בו בעיקר ילדי דיפלומטים ואנשי או"ם. בית הספר לבנות, לעומת זאת נהרס, ובמקומו הוקם מלון.