As súas orixes atópanse na histórica universidade de Alcalá, a Universidade Cisneriana, fundada polo Cardeal Cisneros en 1499. A universidade pechouse en 1836 e os seus estudos trasladáronse a Madrid. A actual universidade de Alcalá fundouse en 1977.
Centros
Escola de Arquitectura
Escola Politécnica Superior
Facultade de Bioloxía, Ciencias Ambientais e Química
Facultade de Ciencias Económicas, Empresariais e Turismo