A Transporter Classification Database ou TCDB (Base de Datos de Clasificación de Transportadores) é un sistema de clasificación aprobado pola International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) para as proteínas transportadoras de membrana incluíndo as canles iónicas.[1] Este sistema de clasificación foi deseñado para que fose análogo ao sistema do número EC para a clasificación de encimas, pero utiliza tamén información filoxenética.
Clasificación
Velaquí o nivel superior de clasificación e algúns exemplos de proteínas con estrutura tridimensional coñecida:
1.A Canles de tipo α
1.D Canles sintetizadas non ribosomalmente
Non agrupados
2. Transportadores impulsados por potencial electroquímico
2.B Portadores non sintetizados ribosomalmente
2.C Enerxizadores implsados por gradiente iónico
Non agrupados
- Proteína transportadora mitocondrial[10]
- Superfamilia do Facilitador Maior (transportador de glicerol 3-fosfato, lactosa permease, e transportador multidrogas EmrD)[11]
- Transportador AcrB Resistencia-nodulación-división celular (efluxo multidrogas, ver resistencia a multidrogas)[12]
- Simportador de dicarboxilato/aminoácido:catión (simportador de glutamato protón)[13]
- Antiportador catión monovalente/protón (antiportador sodio/protón 1 NhaA)[14]
- Simportador de sodio de neurotransmisor[15]
- Transportadores de amonio[16]
- Transportador de droga/metabolito (transportador de resistencia a multidrogas pequenas EmrE - as súas estructruras foron retractadas por ser erróneas)[17]
3.A. Transportadores impulsados pola hidrólise do enlace P-P
3.B Transportadores impulsados por descarboxilación
3.C Transportadores impulsados por metiltransferencia
3.D. Transportadores impulsados por oxidorredución
3.E. Transportadores impulsados pola absorción de luz
Transportadores impulsados por potencial electroquímico non agrupados
- ATPases de tipos V e F que translocan sodio ou protóns[29]
4. Translocadores de grupo
4.A Translocadores de grupo impulsados por fosfotransferencia
4.B Transportadores de captación de nicotinamida ribonucleósido
4.C Transportadores acoplados á acil CoA ligase
5. Transportadores (carriers) do transporte de electróns
5.A Transportadores de transferencia de 2 electróns transmembrana
5.B Transportadores de transferencia de 1 electrón transmembrana
Non agrupados
6. Non utilizados
Reservado para unha futura ampliación.
7. Non usados
Reservado para unha futura ampliación.
8. Factores accesorios implicados no transporte
8.A Proteínas de transporte auxiliares
8.B Proteína sintetizada ribosomalmente/toxinas peptídicas que teñen como diana canles e transportadores (carriers)
8.C Toxinas non sintetizadas ribosomalmente que teñen como diana canles e transportadores (carriers)
9. Sistemas de Transporte Caracterizados Incompletamente
9.A Transportadores recoñecidos de mecanismo bioquímico descoñecido
9.B Proteínas transportadoras supostas
9.C Transportadores caracterizados funcionalmente que carecen de secuencias identificadas
Exemplos
Notas
Véxase tamén
Ligazóns externas