Transporter Classification Database

A Transporter Classification Database ou TCDB (Base de Datos de Clasificación de Transportadores) é un sistema de clasificación aprobado pola International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) para as proteínas transportadoras de membrana incluíndo as canles iónicas.[1] Este sistema de clasificación foi deseñado para que fose análogo ao sistema do número EC para a clasificación de encimas, pero utiliza tamén información filoxenética.

Clasificación

Velaquí o nivel superior de clasificación e algúns exemplos de proteínas con estrutura tridimensional coñecida:

1. Canles/Poros

1.A Canles de tipo α

1.C Toxinas formadoras de poros (proteínas e péptidos)

1.D Canles sintetizadas non ribosomalmente

1.G Poros de fusión viral

Non agrupados

2. Transportadores impulsados por potencial electroquímico

2.B Portadores non sintetizados ribosomalmente

2.C Enerxizadores implsados por gradiente iónico

Non agrupados

  • Proteína transportadora mitocondrial[10]
  • Superfamilia do Facilitador Maior (transportador de glicerol 3-fosfato, lactosa permease, e transportador multidrogas EmrD)[11]
  • Transportador AcrB Resistencia-nodulación-división celular (efluxo multidrogas, ver resistencia a multidrogas)[12]
  • Simportador de dicarboxilato/aminoácido:catión (simportador de glutamato protón)[13]
  • Antiportador catión monovalente/protón (antiportador sodio/protón 1 NhaA)[14]
  • Simportador de sodio de neurotransmisor[15]
  • Transportadores de amonio[16]
  • Transportador de droga/metabolito (transportador de resistencia a multidrogas pequenas EmrE - as súas estructruras foron retractadas por ser erróneas)[17]

3.A. Transportadores impulsados pola hidrólise do enlace P-P

3.B Transportadores impulsados por descarboxilación

3.C Transportadores impulsados por metiltransferencia

3.D. Transportadores impulsados por oxidorredución

3.E. Transportadores impulsados pola absorción de luz

Transportadores impulsados por potencial electroquímico non agrupados

  • ATPases de tipos V e F que translocan sodio ou protóns[29]

4. Translocadores de grupo

4.A Translocadores de grupo impulsados por fosfotransferencia

4.B Transportadores de captación de nicotinamida ribonucleósido

4.C Transportadores acoplados á acil CoA ligase

5. Transportadores (carriers) do transporte de electróns

5.A Transportadores de transferencia de 2 electróns transmembrana

5.B Transportadores de transferencia de 1 electrón transmembrana

Non agrupados

6. Non utilizados

Reservado para unha futura ampliación.

7. Non usados

Reservado para unha futura ampliación.

8. Factores accesorios implicados no transporte

8.A Proteínas de transporte auxiliares

8.B Proteína sintetizada ribosomalmente/toxinas peptídicas que teñen como diana canles e transportadores (carriers)

8.C Toxinas non sintetizadas ribosomalmente que teñen como diana canles e transportadores (carriers)

9. Sistemas de Transporte Caracterizados Incompletamente

9.A Transportadores recoñecidos de mecanismo bioquímico descoñecido

9.B Proteínas transportadoras supostas

9.C Transportadores caracterizados funcionalmente que carecen de secuencias identificadas

Exemplos

Notas

  1. Saier MH, Yen MR, Noto K, Tamang DG, Elkan C (January 2009). "The Transporter Classification Database: recent advances". Nucleic Acids Res. 37 (Database issue): D274–8. PMC 2686586. PMID 19022853. doi:10.1093/nar/gkn862. 
  2. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=8
  3. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=12
  4. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=11
  5. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=72
  6. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=14
  7. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=7
  8. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=10
  9. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=188
  10. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=21
  11. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=15
  12. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=16
  13. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=20
  14. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=66
  15. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=67
  16. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=13
  17. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=77
  18. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=22
  19. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=70
  20. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=17
  21. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=18
  22. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=198
  23. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=19
  24. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=3
  25. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=4
  26. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=6
  27. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=2
  28. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=1
  29. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=5
  30. http://opm.phar.umich.edu/protein.php?search=2hi7

Véxase tamén

Ligazóns externas