Ut argeologyske fynsten hat bliken dien dat it doarp yn 'e iere midsiuwen op in terp ûntstie. Al yn 'e midsiuwen hat it doarp him yn 'e rin fan 'e tiid bûten de terp útwreide.
It plak waard foar it earst yn 1270 as Witmarsum neamd. Oare âlde namme binne Witmerzim (1400), Withmarsum (1456) en Witmaersum (1505). De namme tsjut op it wenplak (hiem/um) fan Witmer.
Yn 1496 waard Menno Simons yn Wytmarsum berne. Hy is de ienige tsjerkeherfoarmer fan Nederlânske komôf, dy't in streaming neilitten hat mei mienskippen dy't rûnom op 'e wrâld te finen binne. Geregeldwei komme der mennoniten nei it doarp om mei it berteplak fan Minne Simons yn 'e kunde te kommen. Krekt bûten Wytmarsum stiet in monumint op it plak oan It Fliet dêr't Simons preke hat.
De tsjerke fan no is fan 1633, mar al yn de 10e iuw stie op it plak de oan Martinus wijde tsjerke. Menno Simons wie dêr pastoar, doe't er yn 1535 ôfstân naam fan it katolisisme en foarman waard fan de minnisten.
Yn it doarp stiene eartiids ferskillende states, lykas de Aylvastate. It doarp krige yn 1896 in molkfabryk, 'De Goede Verwachting'. Mei de fúzje fan it molkfabryk yn 1965 mei dy fan Warkum kaam der yn 1966 in ein oan De Goede Verwachting.
Oant 2011 wie Wytmarsum it haadplak fan de doe ophefte gemeente Wûnseradiel.
Mienskip
It doarpsbelang fan Wytmarsum waard yn 1959 oprjochte. De doarpskrante fan Wytmarsum hjit 'De Koepel'. Aktiviteiten wurde organisearre troch it WOK (Wytmarsumer Ferdivedaasje Komitee). Mounewetter is it iepenloft swimbad fan Wytmarsum.