Lors du déclenchement de la guerre de Sécession en 1861, Beall démissionne de sa commission et est nommé capitaine de cavalerie dans l'armée Confédérée. Beall sert dans le département du trans-Mississippi, sous les ordres du général Earl Van Dorn au début de la guerre et est nommé brigadier général au printemps de 1862. Beall est placé au commandement des forces de cavalerie confédérée à Corinth, Mississippi. Beall commande ensuite une brigade de troupes de l'Arkansas, du Mississippi, de l'Alabama et de la Louisiane. Au siège de Port Hudson, les forces confédérées se rendent le , et Beall est fait prisonnier de guerre. Il est incarcéré sur l'île Johnson sur le lac Érié, près de Sandusky, dans l'Ohio.
En 1864, Beall est nommé comme agent confédéré dans le but de ravitailler les prisonniers de guerre confédérés et libéré sur parole dans ce but. Il fonde un bureau à New York et vend le coton autorisé par le blocus de l'Union des ports du sud. Le produit de ces ventes sont utilisées pour acheter des vêtements et des couvertures pour les prisonniers confédérés dans les camps de prisonniers du nord. Le , le général de l'UnionHenry Halleck écrit au général Ulysse Grant concernant Beall :
« En commençant cette lettre, j'apprends que le comportement du général Beall à New York est si flagrant et offensant que le Secrétaire de la Guerre a ordonné son enseigne soit retirée. Le général Paine a reçu également l'ordre de suspendre sa libération conditionnelle et l'emmener en garde à vue jusqu'à l'arrivée du coton. Le choix du général Beall a été regrettable, car il semble disposé à faire tout le mal qu'il peut. Sa libération conditionnelle sera renouvelée au moment où le coton atteindra New York. »
U.S. War Department, The War of the Rebellion: A Compilation of the Official Records of the Union and Confederate Armies, 70 volumes in 4 series. Washington, D.C.: United States Government Printing Office, 1880-1901. Series 2, Volume 8, Part 1, pages 13–15.
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