Le PSOE ayant remporté les élections anticipées du 28 octobre 1982, il est choisi peu de temps après comme secrétaire d'État pour les Relations avec le Parlement et la Coordination législative, ce qui l'oblige à renoncer à son mandat parlementaire. Le , un mois après la reconduction des socialistes au pouvoir, Virgilio Zapatero Gómez est nommé ministre des Relations avec le Parlement et du Secrétariat du gouvernement, un poste qui remplace celui de ministre de la Présidence et qu'il conserve jusqu'au , établissant ainsi le record de longévité à la tête de ce ministère.
Fin de parcours politique et retour à la vie professionnelle