Clerc d'avoué, militant blanquiste, il est condamné à quatre reprises sous le Second Empire pour ses opinions politiques. Impliqué dans le procès des blanquistes de juillet-, il est acquitté faute de preuves, mais se fait expulser du tribunal de Blois pour insultes à la Haute Cour.
Le , il est élu au Conseil de la Commune par le XVIIIe arrondissement. Il siège à la commission de Sûreté générale, dont il démissionne le , mais est immédiatement réélu. Le 1er mai, il est nommé substitut du procureur de la Commune et le délégué à la Sûreté générale. Il vote pour la création du Comité de Salut public. Le , il donne son consentement pour l'exécution des otages, parmi lesquels se trouve l'archevêque de Paris Georges Darboy. En 1872, il apparaitra sur le photomontage d'Eugène Appert représentant cette exécution et issu de la série les Crimes de la Commune, alors qu'il n'y était pas présent.
Emplacement de la « dernière » barricade de la Commune
Plaque commémorative rendant hommage à Théophile Ferré
Lors de son procès pour avoir participé à la Commune, on veut lui faire également endosser la responsabilité de l'ordre d'incendie du Ministère des Finances, ce qui se révèle inexact. Au cours de ce procès, Ferré refuse de se défendre. Cependant, accablé de calomnies, il rédige une lettre dans laquelle il tente de réfuter ses accusateurs, mais que le tribunal ne lui permettra pas de lire. Il est condamné à mort le et exécuté, en même temps que Louis Rossel et le sergent Pierre Bourgeois au camp de Satory à Versailles le .
Stéphane Rayssac, La Commune de Paris. Théophile Ferré (1846-1871), une vie au service de la Révolution, Pamiers, Editions Universitaires du Sud, , 116 p. (ISBN978-2-7227-0084-0, SUDOC232676674)