Cette troisième saison, comporte 24 épisodes et est diffusée du 20 septembre 2005 au 16 mai 2006 sur CBS.
Au Canada, la saison a été diffusée sur le système CH, le réseau secondaire de Global, la veille de sa diffusion américaine, soit le lundi soir à 22 h[2], sauf la station de Montréal.
En France la série est toujours diffusée sur M6 du 1er septembre 2006 au 12 janvier 2007.
Cette saison permet d'introduire un nouvel agent dans l'équipe de Gibbs, Ziva David interprétée par Cote de Pablo, elle remplace Sasha Alexander qui interprétée le personnage de Caitlin Todd dont le personnage est tuée en fin de saison dernière. Ziva David intègre définitivement l'équipe dans l'épisode 4 de la saison.
Tom Morrow, le directeur du NCIS, quitte son poste pour aller à la sécurité intérieure, il est remplacé par Jenny Shepard interprétée par Lauren Holly, ancienne coéquipière d'infiltration de Gibbs, cette dernière devient alors par la suite personnage principal à partir de l'épisode 9.
Joe Spano et Brian Dietzen sont revenus en tant que récurrents cette saison lors de plusieurs épisodes.
Épisodes
Sauf mention contraire, l'audience présentée est celle de la première diffusion de l'épisode, inédit.
À la fin de la saison 2, au cours d'une opération, l'agent Kate Todd est assassinée par un tireur isolé. Gibbs est persuadé que le coupable est un dénommé Ari Haswari, agent double du Mossad. Avec son équipe, il se met en quête du tireur.
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Le scénario, comme celui de l'épisode suivant, est écrit par le producteur lui-même, Donald Bellisario. Gibbs se montre très gentil, notamment avec Tony et McGee. Tony fait tout pour que Gibbs retrouve son état normal.
On apprend par le biais du nouveau directeur du NCIS Jennifer Shepard, ancienne connaissance de Gibbs que celui-ci n'est pas à son premier bateau en construction. En effet il y a 6 ans, il en possédait déjà un qu'il avait baptisé "Diane", le prénom de sa femme à ce moment-là. Ce bateau a fini brûlé par les propres mains de Jethro sans doute quand il s'est séparé de cette dite "Diane".
La traque de l'assassin de l'agent Caitlin Todd se transforme en un lent face-à-face entre l'espion rebelle Ari Haswari et l'agent spécial Jethro Gibbs.
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Ari Haswari est tué à la fin de cet épisode par sa demi-sœur Ziva David, mais la vérité sur cette mort n'est dévoilée que dans la septième saison. Le scénario, comme celui du premier épisode, est écrit par le producteur lui-même, Donald Bellisario.
Sur ordre du secrétaire d'État à la Marine, l'agent spécial Jethro Gibbs doit s'entretenir avec le tueur en série Kyle Boone peu de temps avant son exécution.
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L'agent Paula Cassidy occupe le poste qu'occupait l'agent Kate Todd qui est décédée à la fin de la saison 2, pour une période d'une semaine, mais n'aura pas le droit d'occuper son bureau car ça reste toujours le bureau de Kate. Seule et unique apparition de Paula sur toute la saison 3.
Une équipe de recherche de la Smithsonian Institution dirigée par le docteur Elaine Burns, en partenariat avec une chaîne de télévision, ouvre un cercueil-témoin supposé dater de la guerre de sécession pour y découvrir un téléphone portable.
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C'est dans cet épisode que Ziva David intègre officiellement l'équipe du NCIS même si Gibbs n'est pas tout de suite d'accord.
Sur le terrain, Ziva porte la casquette que Tony troue dans la saison 1 en s’entraînant au tir.
Une jeune call-girl est assassinée en direct sur Internet, filmée par sa webcam. Le NCIS est appelé pour enquêter sur la disparition inquiétante depuis 15 jours de Jamie Carr, l'épouse d'un marine en mission en Irak, qui se révèle être la victime de la vidéo.
Le capitaine Tanner est enlevé en plein jour, dans un parc d'attractions, sous les yeux de son fils de 6 ans, Zacarie, un petit garçon vif et malin. Malgré son jeune âge, il contacte le NCIS et leur révèle la présence d'agents secrets sur le parc au moment de l'enlèvement. Le NCIS enquête.
Anthony DiNozzo et Ziva David sont dans une chambre d'un palace et s'embrassent ; la robe de Ziva tombe au sol et ils se retrouvent au lit. En fait, ils doivent se faire passer pour un couple de tueurs à gages franco-canadiens, morts dernièrement dans un accident de voiture. Ces derniers avaient une réservation dans un palace où se tient une importante réunion sur la sécurité. L'équipe du NCIS doit identifier la cible du couple décédé ainsi que le commanditaire, mais ils ne sont pas les seuls sur cette affaire.
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Abby souhaite un bon anniversaire à Gibbs à la fin de l'épisode ce qui pourrait laisser entendre que c'est son anniversaire mais le 10 novembre est surtout l'anniversaire du Corps des Marines et il est de tradition de souhaiter un bon anniversaire à un Marines ce jour-là.
Une patrouille de marines retrouve deux jambes amputées dans un buisson et prévient directement le NCIS. Après avoir fait les analyses, un bout de gant trouvé sur les lieux du crime révèle des empreintes : il s'agit de celles de l'agent Tony DiNozzo.
Au cours d'une mission, McGee tue dans une ruelle un homme dans une voiture, qu'il pense avoir tenté de lui tirer dessus. Mais il s'avère qu'il s'agit d'un policier des stupéfiants en civil, qui n'avait pas d'arme, contrairement à ce qu'affirme McGee. L'accusation de bavure à l'encontre de celui-ci va mettre à l'épreuve les agents du NCIS.
Épisode 11 : Roméo & Juliette
Titre original
Model Behavior (trad. litt. : « Comportement modèle »)
Pendant le tournage d'une émission de télé réalité sur une base de Marines, la top-modèle Taylor, fille du producteur de l'émission, trouve la mort en tentant d'escalader des barbelés et le NCIS doit découvrir qui est le meurtrier.
Lors d'une fusillade avec des trafiquants d'armes sur le port de Norfolk, Tony et Ziva se retrouvent involontairement enfermés dans un conteneur, sans pouvoir utiliser leur téléphone portable.
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Tony apprend avec stupéfaction que, la veille, toute l'équipe était invitée à dîner chez Ziva, sauf lui. Pourtant, depuis le huitième épisode, il en est très proche.
Amanda Wilkerson, officier chargée d'un transport de combustibles nucléaires, a été enlevée ; cependant, elle a pu passer un appel au secours depuis son portable avant que ses ravisseurs ne s'en aperçoivent. Pendant ses moments libres, elle travaille bénévolement pour un organisme chargé de surveiller les pédophiles sévissant sur Internet.
Les épouses Sud-Coréennes de deux marines sont découvertes, assassinées, par leur amie de même nationalité Yoon Dawson et une voisine. L'équipe de Gibbs est chargée d'élucider cette affaire.
Lors d'une arrestation de voleur de voiture, Gibbs et son équipe découvrent une tête coupée, dans une glacière située dans le coffre d'une berline. La piste va les mener vers un trafic de cadavres.
Épisode 16 : Frères d'armes
Titre original
Family Secret (trad. litt. : « Secret de famille »)
Les rangers du Parc national de Shenandoah découvrent le corps d'un marin qui a, apparemment, été mangé par un ours. Une fois sur place, l'équipe du NCIS découvre que le quartier-maître, qui campait dans une zone interdite, n'était pas seul.
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On retrouve dans cet épisode beaucoup de références au film de Quentin Tarantino, Pulp Fiction. Entre autres, le nom du bar dans le parc qui s'appelle le Jack Rabbit Slim's ; Ziva qui, du coup, mime la danse de Mia Wallace et Vincent Vega ; ou encore le cadeau mystère que Gibbs offre à Abby pour son anniversaire (une boîte qui lorsqu'elle est ouverte suppose un contenu très lumineux comme la fameuse mallette de Marsellus Wallace). À ce sujet, Abby fait la remarque suivante : « C'est tout à fait Pulp Fiction ».
Dans un lycée, le NCIS doit arrêter un adolescent qui menace de faire sauter une bombe. Il a pris des élèves en otage et la situation est pour le moins explosive. Gibbs se rend compte que l'adolescent obéit peut-être à des ordres venant d'un individu à l'extérieur de l'école.
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Pour la première fois, Tony et Gibbs inversent leurs rôles : Tony dirige seul l'enquête avec talent et se permet même de remettre la directrice à sa place, alors que Gibbs est pris en otage.
On peut noter que dans la version française, que le chef de l'équipe d'intervention est doublé par Damien Boisseau, qui a également doublé Ari Haswari.
En hiver, deux enfants qui se promènent trouvent un cadavre sous la glace.
Résumé détaillé
Au total quatre cadavres sont retirés de dessous la glace, l'un d'eux est un sergent-chef des marines, les trois autres sont deux hommes de main et le chef Sosa d'une bande internationale de trafiquants. Il appartient à une compagnie qui a terminé une mission en Irak et attend son rapatriement. Le sergent-chef a été tué par les trois autres qui ont après été tué par derrière. L'équipe va provoquer le gang dans son repaire et le met sous écoute. Un certain messager Ceasar Bernal les intrigue beaucoup, surtout lorsque McGee et Abby s'aperçoivent qu'il s'envoie les messages à lui-même. La bande est mise au courant des conclusions de l'affaire et le messager leur est livré.
Le frère d'un trafiquant de drogue meurt lors de son transfert en ascenseur au siège du NCIS, accompagné par Ziva qu'il avait passablement énervée auparavant.
Lors d'un contact sur un bateau turc avec un agent philippin du NCIS infiltré dans un groupe terroriste et membre d'équipage, Gibbs est grièvement blessé et hospitalisé dans le coma ce qui déclenche de nombreux souvenirs.
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Après Pulp Fiction dans l'épisode 17, c'est maintenant à Usual Suspects de Bryan Singer que cet épisode fait explicitement référence. L'ambiance de la scène initiale est directement inspirée de ce film.
Le scénario, comme ceux des deux premiers épisodes, est écrit par le producteur lui-même, Donald Bellisario.
On voit pour la première fois apparaître le mentor de Gibbs, l'agent spécial Mike Franks (Muse Watson)
Gibbs se réveille mais ne se souvient de rien et le terroriste PinPin Pula a toujours une longueur d'avance.
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Le scénario, comme ceux des deux premiers épisodes ainsi que du précédent, est écrit par le producteur lui-même, Donald Bellisario. C'est la première apparition de Muse Watson, alias Mike Franks, ancien patron de Jethro Gibbs, de qui ce dernier s'inspire pour son style de gestion de l'équipe, en particulier la tape sur la tête.
Par ailleurs, lorsque Ziva redonne la mémoire à Gibbs, un flashback montre la mort de Kate. Enfin, dans les cinq dernières minutes de cet épisode, Gibbs fait d'Anthony DiNozzo le nouveau chef d'équipe, décrétant qu'il prend sa retraite.
Audiences
Les audiences présentées ci-dessous sont celles de la première diffusion, inédite, des épisodes.
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