La deuxième saison est composée de vingt-trois épisodes.
Au Canada, la saison a été diffusée en simultané sur le système CH, le réseau secondaire de Global[1].
Aux États-Unis, la deuxième saison est diffusée sur CBS du 28 septembre 2004 au 24 mai 2005.
En France, la série est diffusée du 2 septembre 2005 au 16 décembre 2005 sur M6.
Elle marque l'arrivée d'un nouvel acteur récurrent, Jimmy Palmer, le nouvel assistant du Dr Mallard qui était déjà présent dans les trois derniers épisodes de la première saison.
Timothy McGee, nouvel agent permanent dans l'équipe de Gibbs est quant à lui promu comme acteur principal après avoir été déjà présents dans huit épisode de la première saison.
Le fil rouge de cette saison s'inscrit dans la suite de celui de la précédente concernant Ari. Cependant, ce personnage se fait plus discret dans l'intrigue. Il réapparaît lors de l'épisode final pour tendre un piège à l'équipe et tuer l'un de ses membres, Caitlin Todd, ce qui va affecter durablement les agents du NCIS.
Joe Spano, qui était déjà apparu dans 5 épisodes de la première saison, est de retour en tant qu'agent du FBI.
Tom Morrow est toujours le directeur du NCIS, il n'apparait cependant que dans un seul épisode de la saison.
Épisodes
Sauf mention contraire, l'audience présentée est celle de la première diffusion de l'épisode, inédit.
Épisode 1 : La Rançon
Titre original
See No Evil (trad. litt. : « Le Mal qu'on ne voit pas »)
L'équipe du NCIS fait une course contre la montre pour sauver la femme d'un capitaine de la Marine enlevée avec sa fille aveugle âgée de neuf ans. Via internet, le ravisseur demande 2 millions de dollars au père par transfert de plusieurs comptes du Pentagone. Ils arrivent à négocier la libération de la petite fille qui va aider l'enquête grâce à son extraordinaire don d'écoute des sons. Le local de détention est proche d'une gare, il s'agit d'un ancien train de voyageurs, le ravisseur est arrêté mais le destinataire final du transfert est une surprise.
Commentaires
À la fin de l'épisode, Gibbs annonce à Timothy McGee son embauche dans l'équipe du NCIS.
Épisode 2 : Pour le meilleur et pour le pire
Titre original
The Good Wives Club (trad. litt. : « Le club des femmes au foyer »)
Gérard O'Donnell (Lieutenant commandant Scott Willis)
Matt Carmody (Chapelain Brett Evans)
Betsy Brandt (Maître deuxième classe Barbara Swain)
Tara Buck (Maître deuxième classe Debra Marshall)
Synopsis
Lors de travaux de démolition d'un ancien quartier résidentiel sur une base, une prison souterraine, décorée comme une chambre des années 1950, est mise à jour avec un cadavre de femme habillée en robe de mariée. La clé de l'enquête de l'équipe du NCIS semble vite être un opuscule intitulé « Le Guide de la femme idéale ». En recherchant parmi les disparitions inquiétantes de femmes militaires, l'équipe en repère une sur la base de Jacksonville. Peu avant sa disparition, elle s'était confiée à l'aumônier de la base qui se trouve être le responsable des enlèvements. Se sachant découvert, il se suicide d'une balle dans la tête. Toute la base est en effervescence pour retrouver la cachette de la femme enlevée.
Gibbs et son équipe enquêtent sur un hélicoptère découvert dans un champ, au milieu de cercles ufologiques, alors que ses deux pilotes ont disparu. L'enquête a lieu dans une région de l'Amérique profonde où les habitants semblent protéger de lourds secrets. Il semble y avoir eu un précédent en 1994, mais l'incident semble être classé secret au plus haut niveau. Un bois et un chalet calcinés sont découverts avec des traces de chair humaine. Lors de la fouille des appartements des pilotes un des deux disparus est retrouvé chez lui. Il avoue que son copilote a voulu faire la mission tout seul et selon le relevé téléphonique de ce dernier il a reçu un appel téléphonique de la cabine du village où l'hélicoptère s'est posé. L'enquête montre que les habitants ont tous la même version des faits. La police du comté fait état de sombres querelles de familles avec beaucoup d'accidents mais aucun meurtre avéré. Un cadavre calciné est retrouvé par les chiens de l'armée, l'ADN montre qu'il s'agit d'un frère du pilote disparu. Il s'agit probablement d'une nouvelle vengeance.
Épisode 4 : Jane Doe
Titre original
Lt. Jane Doe (trad. litt. : « Lieutenant Inconnue »)
Le cadavre d'une jeune femme lieutenant est découvert de nuit dans un parc de la base de Norfolk, le quartier-maître Cluxton a sécurisé la scène du crime, son père était un ancien du NCIS. Aussitôt sur les lieux, Ducky est bouleversé par un trident estampillé sur le côté de la nuque. Ressurgissent alors les souvenirs d'un meurtre signé de manière identique, dix ans plus tôt en 1994, lorsque des femmes ont embarqué pour la première fois sur des navires de guerre. Un homicide jamais élucidé où Ducky n'avait pu à l'époque identifier la victime travestie aussi en lieutenant; seule exception dans sa brillante carrière. Gibbs met alors tous les moyens en œuvre pour ne pas échouer. Ils identifient vite le responsable du premier meurtre mais il est mort 6 semaines avant le crime. En faisant le tour des bars autour de la base, Tony et Caitlin découvrent un bar pour homosexuelles où la victime travaillait comme musicienne. Son appartement est complètement nettoyé. Le visionnage du bunker où sont conservés les éléments des anciennes enquêtes permet à l'équipe de faire une découverte.
Commentaires
Cet épisode est le premier à faire des flashs d'images en noir et blanc.
Un homme se réveille pieds et poings liés dans un champ de tir militaire jonché de carcasses de voitures et se fait tuer avant d'avoir pu s'enfuir. Après enquête, l'équipe découvre qu'il s'agit d'un agent du FBI, infiltré dans le gang mafieux Napolitano. L'agent du FBI Fornell confie à Gibbs qu'il y a une taupe au FBI, mais il est lui-même soupçonné et emprisonné. Par ailleurs, le champ de tir se révèle être un cimetière sauvage utilisé depuis des années par les truands pour se débarrasser des corps. Ceux-ci sont congelés des années avant d'être à nouveau exposés et l'un d'eux porte des traces d'un explosif qui n'est plus utilisé par les militaires depuis 18 ans. Gibbs fait arrêter le fils du chef de clan pour procéder à un échange, le fils contre la taupe, qui va s'avérer des plus délicats.
Commentaires
L'agent Fornell du FBI, qui avait demandé de l'aide à l'agent Gibbs du NCIS pour l'innocenter, est retrouvé pendu dans sa cellule. En fait, c'est un subterfuge, pour pouvoir trouver la taupe au sein du FBI. On le retrouve bien vivant à la fin de l'épisode.
Mary Page Keller (capitaine de corvette Michaela « Micki » Shields)
Synopsis
Le monospace du commandant Micki Shields, mère de famille, explose sur le parking d'un supermarché. Pensant à un acte de terrorisme, le FBI chargé de l'enquête débarque sur les lieux avant le NCIS, relayé à la protection civile. À l'époque, en Afghanistan, l'unité du commandant Shields avait bombardé des civils par erreur. Aujourd'hui, à quatre jours de son congé de fin de service, Micki s'apprête à redevenir une simple civile. mais elle n'a pas vu grandir ses enfants et son couple s'est distendu. Gibbs lance un ultimatum à son homologue du FBI, Lina Reyes, avant que le NCIS ne puisse plus se charger de la protection de la victime et de sa famille, dont la surveillance fait émerger quelques conflits sous-jacents. L'enquête mène finalement à une cellule d'Al-Qaïda dont le contact dans la région serait un ancien marine, mais cela n'explique pas tout.
Épisode 7 : Semper Fi
Autre(s) titre(s) francophones
Semper Fidelis (au Québec)
Titre original
Call of Silence (trad. litt. : « L'appel du Silence »)
Le Caporal Ernie Yost, ancien combattant de la Seconde Guerre mondiale dans le corps des Marines et médaillé d'honneur, vient se constituer prisonnier au NCIS, se déclarant coupable du meurtre de son meilleur ami et coéquipier dans le Pacifique. Gibbs, dubitatif, intime l'ordre d'exhumation du corps au cimetière militaire. La correspondance entre l'arme et sa trace est parfaite, mais Gibbs ne décèle aucun mobile valable pour ce meurtre. Pourtant, la capitaine Coleman du JAG réclame l'arrestation immédiate de Yost ainsi que la destitution de ses honneurs militaires et de sa médaille d'Honneur.
3 h du matin, le capitaine de frégate Mickael Bornan s'enflamme en plein sommeil sur son lit d'hôpital. 4 jours plus tôt, au retour d'une partie de golf, il s'était plaint de douleurs à la poitrine et avait rapidement été opéré à cœur ouvert. Selon le docteur Bayers, responsable de l'intervention, le patient a mené la vie dure au personnel du service ; de fait il avait besoin d'une opération encore plus importante mais qui l'aurait obligé de quitter la Marine, ce qu'il a refusé.
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Comme dans la saison 1, on voit apparaître la femme mystérieuse de Gibbs en début d'épisode, qui le ramène en voiture grise, sur le lieu de l'enquête.
Laura Rowans, femme d'un major détaché en Irak, tire deux balles à bout portant sur Jérémy Davidson qui s'est introduit chez elle pour la violer. Gisant sur son lit d'hôpital, l'intrus explique que c'est un jeu érotique, Laura l'aurait invité à réaliser un fantasme. Mariée depuis quatre ans à un mari absent qui lui a quand même appris à se servir d'une arme à feu, Laura s'ennuie, sans enfant, dans le village militaire de Quantico. En perquisitionnant l'appartement de Jérémy, le NCIS découvre une correspondance électronique suggestive établie depuis quatre mois, ainsi qu'une photo de Laura plutôt compromettante, à travers un service informatique spécialisé. Gibbs tente alors un interrogatoire intimidant de Laura. Il s'avère que tous les deux ont été piégés, mais l'enquête va beaucoup plus loin. Jusqu'à la surprenante découverte d'un tueur en série.
Le NCIS organise une fausse évasion : l'agent Tony Dinozzo se trouve enchaîné à Jefferey White, soupçonné dans le vol d'antiquités provenant d'Irak. Relié à l'équipe par un GPS qui se trouve hors-service, Tony est contraint de semer des indices à Gibbs et Kate tandis que l'agent McGee correspond avec la secrétaire d'État sur l'évolution de l'enquête. Alors que Tony se prend d'affection pour Jefferey, l'équipe découvre qu'il est soupçonné dans trois meurtres où l'agresseur a exécuté ses victimes à l'arme blanche en leur tranchant la gorge. Tony est en réel danger de mort et Gibbs est très inquiet.
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On apprend dans cet épisode que le père de Tony était alcoolique.
Le lieutenant Brian McAllister, porté disparu depuis deux ans, refait soudainement surface. Ou plutôt son cadavre, qu'un célèbre détective Cooper affirme avoir découvert, dans sa voiture, au fond d'un lac. La prime pour retrouver Brian se monte à un million de dollars. Gibbs, qui ne cache pas son dédain pour le détective, et son équipe se rendent donc à Black Lake, situé à proximité de la demeure familiale du défunt. Héritier d'une fortune considérable, l'homme semble avoir été victime d'un accident de la route, d'autant plus curieux que sa voiture était prise dans un violent orage qui l'avait obligé à s'arrêter. Mais, McGee trouve une balle fichée dans la portière de la voiture sortie du lac, il pourrait donc s'agir d'un meurtre. Ses parents sont morts quelques mois après et son frère a hérité de toute la fortune. Une voyante semble aussi avoir été proche de la victime, cependant un tireur tente de la tuer en présence même de Gibbs. Pendant que Caitlin occupe le frère, dont elle est tombée sous le charme, Gibbs perquisitionne la maison McAllister et y découvre des armes et encore une fois le détective Cooper.
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Tony fait référence au Corniaud de Gérard Oury lorsque la voiture du lieutenant McAllister est sortie de l'eau. Dans cet épisode on apprend que Tony est issu d'une très riche famille.
Grant Garrison (Maître deuxième classe Niles Wilson)
Jeremy Guskin (Roland Gesta)
Craig Welzbacher (George Mansur)
Synopsis
Un télé-opérateur entend des bruits de lutte et des cris chez un particulier qu'il démarche par téléphone. Le lieutenant Cheney et son équipe se rendent au domicile de ce prospect, le quartier-maître Lambert. La maison est dévastée et du sang recouvre le sol. Mais pas de cadavre. Gibbs découvre l'affaire aux infos et participe aussitôt à l'enquête. L'analyse des prélèvements effectués sur place permet à Abby de conclure qu'il n'y a pas eu d'agression et que Lambert a simulé son meurtre et en a profité pour disparaître. Gibbs se rend au centre informatique de la Marine où il tombe sous le charme de la belle Karen Wilkerson, superviseur du quartier-maître Lambert qui travaillait sur le logiciel de gestion des hôpitaux de la Marine dans lequel Abby découvre des lignes codées qui lui permettaient de détourner des médicaments, en particulier des opiacés. Gibbs s'intéresse à son revendeur d'autant plus que le quartier-maître est retrouvé mort d'une balle dans la tête. Un logiciel « cheval de Troie » est retrouvé sur l'ordinateur professionnel du quartier-maître, l'assassin est donc d'un membre du centre informatique. Finalement l'assassin est démasqué grâce à l'ADN retrouvé sur les cigarettes laissées sur le lieu du crime.
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Dans cet épisode, le lieutenant Cheney et son équipe sont calqués de manière humoristique sur l'équipe de Gibbs : un chef exigeant qui frappe ses collaborateurs derrière la tête, un « bleu » timide et inexpérimenté, un agent macho d'origine italienne et une agent féminine qui résiste aux charmes de DiNozzo.
Épisode 13 : Vengeance d'outre-tombe
Titre original
The Meat Puzzle (trad. litt. : « Puzzle de viande »)
Lors de la reconstitution d'un cadavre coupée en petits morceaux, l'énigme s'éclaircit enfin. Face au puzzle humain étalé devant lui sur les trois tables d'autopsie, Ducky reconnaît l'une des victimes, un procureur. Il se souvient en effet de cet homme dont le gros orteil avait été greffé sur sa main droite. L'équipe identifie les deux autres dépouilles en morceaux. Ce sont celles du juge Davis et du président du jury d'un procès dans lequel Ducky avait été cité comme témoin à charge, dix ans plus tôt. La cour avait condamné à huit ans de prison un violeur meurtrier, Vincent Hanlan. L'homme est mort depuis un an. Mais il a toujours sa famille : le frère est taxidermiste et la mère dirige un centre funéraire. Ducky est enlevé chez lui, pendant son sommeil, et l'équipe craint pour sa vie.
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Dans cet épisode apparaît pour la première fois la mère du docteur Mallard, souffrant de la maladie d'Alzheimer. A la question de Caitlin "A quoi ressemblait Ducky quand il était jeune ?" Gibbs répond: "Illya Kuryakin".
« Le bleu » va pouvoir faire ses preuves. Gibbs lui confie sa première enquête en solo : Erin Kendall, une ingénieur en informatique, affirme avoir vu, de sa fenêtre, un marin se faire tuer dans l'appartement d'en face. Pourtant, une fois sur les lieux, la police ne constate aucune trace de lutte ou d'effraction. Malgré tout, McGee suggère à Gibbs de continuer à chercher. Kate découvre bientôt qu'un marin de la région, Keith Dillon, a disparu. Un début d'idylle se noue entre la jeune témoin et McGee, mais cette dernière est tuée alors que McGee est en planque dans l'appartement d'en face. Une hypnotiseuse va permettre à McGee de se souvenir d'un détail qui va permettre d'arrêter le meurtrier.
Le corps accidenté du sergent William Moore est retrouvé inanimé dans le parc protégé de Shenandoah alors qu'il filmait la nature aux alentours. Sa femme et son meilleur ami, le sergent Caine, ont constaté sa disparition alors qu'ils faisaient du camping. La théorie de la chute n'est pas concluante puisque l'autopsie révèle un coup mortel porté au crâne par une batte de baseball. Aussitôt, le voisin de camping importun avec qui le défunt avait eu une altercation est soupçonné. Son casier judiciaire stipule un séjour en prison pour violence. L'enquête montre aussi que l'épouse et le meilleur ami étaient amants. Finalement l'étude du film du caméscope bien que très abîmé permet de découvrir la vérité.
Un homme, propriétaire d'un bar, se réveille avec une femme morte dans son lit ; il s'agit d'un quartier maître qu'il ne connaît pourtant pas puisqu'il affirme que ce n'est pas avec elle qu'il a passé la nuit. Effectivement, les analyses le montrent. En enquêtant sur la victime, l'équipe découvre que le propriétaire du bar concurrent, surnommé « le bulldog » est le manager de la sœur de la victime. D'ailleurs, une de ses danseuses est retrouvée morte quelque temps plus tard.
Épisode 17 : Œil pour œil
Titre original
An Eye for An Eye (trad. litt. : « Un œil pour un œil »)
Lorsqu'un quartier-maître reçoit par erreur un colis contenant des yeux humains, destiné à l'agent Horlacher, le NCIS ouvre une enquête. Le paquet est expédié de Cuidad del Este au Paraguay, une zone transfrontalière à haut risque où l'armée américaine et les services de renseignement du monde entier côtoient des trafiquants en tout genre ainsi que des terroristes. Horlacher, élève au service de renseignements de la Marine, se suicide le lendemain, travesti en femme. Avant d'accomplir son geste, il a contacté son professeur Gayman Purcell, un ancien de la marine, spécialiste de la zone incontrôlable d'Amérique latine. Ce dernier est un maître du renseignement de haut niveau toujours en activité qui utilise ses puissants réseaux pour des activités encore moins avouables.
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On peut envisager que la personne qui se cache lorsque Gibbs et McGee sont en télé conférence, n'est autre que Ari Haswari, conclusion faite par la méthode d'élimination de témoin à la fin de l'épisode.
Virginia Beach. En marge d'un défilé en bikini auquel elle participait, le quartier-maître Tiffany Jordan est assassinée dans les toilettes publiques. La tête immergée dans la cuvette, elle était probablement en train de vomir au moment de l'agression. Gibbs et son équipe ne relèvent pas de traces de lutte sur place. Pour collecter d'autres indices, ils se rendent dans l'appartement de la défunte et à bord du navire sur lequel elle servait.
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DiNozzo découvre lors de sa soirée Printemps que l'agent Cait Todd n'est pas si innocente qu'elle le dit pendant sa scolarité, car il découvre une photo d'elle dans un concours de tee-shirt mouillé. Il remettra une couche à Cait lors de l'épisode suivant.
Épisode 19 : La Théorie du complot
Titre original
Conspiracy Theory (trad. litt. : « Théorie du complot »)
Des voix murmurent son nom. Puis un marine en combinaison de camouflage surgit, un couteau à la main. Le quartier-maître Jessica Smith est convaincue qu'on a essayé de la tuer pendant la nuit. Son psychiatre, le capitaine de corvette Witten, soutient que la jeune femme est victime d'hallucinations depuis la mort de son fiancé en Irak. Il décide de l'hospitaliser mais malgré ses explications, Gibbs souhaite se pencher sur le dossier du quartier-maître.
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DiNozzo et Cait se querellent tout au long de l'épisode en ce qui concerne de la découverte de la photo de Cait par Tony. L'agent Todd tient sa vengeance, en faisant faire par Abigail, une photo montage de Tony avec un motard Gay. Ils décident donc pour éviter tout problème, de supprimer en même temps les deux photos. Et fait du hasard, Gibbs reçoit deux mails à ce moments là. Les agents DiNozzo et Todd quittent de façon précipitée leurs bureaux.
Durant la semaine de bizutage au campus militaire du Connecticut, le corps du sergent Turner est retrouvé avec la nuque brisée et des contusions superficielles. Après avoir servi en Irak, Turner s'est inscrit à l'université et s'est retrouvé immédiatement être la cible des militants anti-guerre que soupçonne Gibbs. L'équipe du NCIS reçoit des mails cryptés d'un pirate sur le campus dénonçant la « cellule rouge », un club secret de paintball auquel une dizaine d'étudiants adhèrent.
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Dans cet épisode, on découvre subrepticement que McGee écrit un livre.
La demi-sœur par alliance de Sean Murray (Troian Bellisario) y joue le rôle de sa petite sœur.
Alors que la Marine s'apprête à remettre à titre posthume la médaille d'argent au quartier-maître Dobbs mort au combat en Irak, les honneurs lui sont refusés à la découverte du corps de Norah Webb dans son hangar de location. Norah a disparu il y a deux ans, juste avant le départ de Dobbs, devenu le suspect idéal de la police à l'époque. Puis avant de s'engager, Dobbs avait confié une clé de ce hangar et son testament à une amie, Emy Pole, qui ne tarde pas à se suicider.
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Dans cet épisode, Tony se fait voler sa voiture. Il la retrouve à la fin de l'épisode, son voleur ayant eu un grave accident avec ; le véhicule est complètement détruit.
De plus, une petite idylle se joue entre Gibbs et le capitaine de corvette Coleman.
Un matin, Tony ouvre machinalement une lettre adressée aux agents spéciaux du NCIS, contenant de la poudre grise infectée par la peste. Aussitôt, le service entame une procédure de décontamination et tout l'équipe est mise sous quarantaine. Mais seul Tony réagit positivement aux tests. Tony et Kate, qui est enrhumée, sont confinés dans un sas médical.
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L'agent Christopher Pacci qui a été assassiné dans la première saison apparaît dans un flashback. L'acronyme « SWAK » signifie en anglais « Sealed with a Kiss », soit en français « scellé par un baiser », d'où le titre de l'épisode.
Tony reprend du service en avance, malgré son état toujours chancelant. Le NCIS est appelé sur une route de campagne en Virginie pour enquêter sur l'assassinat peu ordinaire de deux lieutenants en permission, qui ont eu les mains sectionnées. Tony sauve la vie de Caitlin et de McGee en repérant à temps une bombe placée sous la voiture accidentée ; l'équipe est miraculeusement sauvée mais la voiture des victimes explose. L'équipe du NCIS est visée, quelqu'un vise spécialement Gibbs et le NCIS, qui sollicitent l'appui du FBI.
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A la fin de cet épisode, l'agent spécial Caitlin Todd est assassinée par Ari Haswari, cet épisode marque donc le départ de Sasha Alexander qui l'interprétait, elle réapparait néanmoins dans les deux premiers épisodes de la saison suivante.
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