Jonathan Noyce connaît son premier succès avec le groupe de pop britannique Take That, pour qui il est bassiste de studio en 1993. Pendant cette période il travaille en collaboration avec le producteur Joey Negro alias Dave Lee.
En 1995 il rencontre le guitariste de Jethro Tull, Martin Barre, qui l'invite à jouer sur son album solo The Meeting[6]. C'est ensuite le chanteur de Jethro Tull, Ian Anderson, qui lui demande de se joindre à lui pour sa tournée mondiale Divinities. Quelques mois plus tard quand le bassiste Dave Pegg annonce son départ de Jethro Tull, c'est tout naturellement que Noyce lui succède dans le groupe en [7],[8],[9],[10]. Il parcourt le monde et enregistre plusieurs albums studio et live avec le groupe jusqu'à son départ en 2007.
Selon ses propres mots, il qualifie sa façon de jouer de « basse furtive » (stealth bass): "Tu ne peux pas l'entendre, mais tu la sens."
En dehors de Jethro Tull, Jonathan Noyce a longtemps accompagné le guitariste Gary Moore[11]; en jouant avec lui sur l'album Old New Ballads Blues, lors du concert en hommage à Phil Lynott, One Night in Dublin, où l'on retrouve plusieurs membres de Thin Lizzy, ainsi que le dernier concert enregistré de Gary Moore, Live at Montreux 2010.
En 2006 il a joué de la basse pour The Divine Comedy sur certaines dates européennes et une apparition à la télévision.
Depuis 2007 Jonathan Noyce est membre du groupe britannique Archive[12].
En 2009Rick Wakeman a appelé M. Noyce pour ses concerts au Hampton Court Palace. Ces spectacles ont également été enregistrés et filmés. The Six Wives of Henry VIII Live at Hampton Court Palace[13].
En 2010 le musicien retrouve Gary Moore pour plusieurs concerts dans toute l'Europe, avec également le batteur Darrin Mooney et le clavier et guitare Neil Carter. Ce projet Celtic-Rock a pris fin avec la mort soudaine de Moore le [11]. Le groupe était en répétition juste avant sa mort afin de préparer un album.
Carrière ultérieure
Jonathan Noyce joue sur l'album de Mylène FarmerBleu noir sorti en 2010, et dont trois chansons ont été composées par Darius Keeler du groupe Archive[14]. Il est présent sur scène pour le premier concert du groupe Love Amongst Ruin au Festival Eurosonic en .
En 2012, il retrouve son ancien compère de Jethro Tull Martin Barre[15] pour des shows à travers l'Europe avant de jouer sur l'album solo de Martin Barre Away With Words en 2013[16]. Cette année voit également Noyce rejoindre Sixto Rodriguez pour une série de spectacles comprenant le Montreux Jazz Festival et le Festival de Glastonbury. En décembre il accompagne sur scène le groupe Pentangle pour un concert en hommage à Bert Jansch qui est diffusé à la télévision par la BBC.