Au début des années 1990 également, on fait appel à lui pour la réalisation de vidéo-clips dont, notamment, quatre clips pour le groupe britannique Erasure, celui de Pauline Ester illustrant la chanson Le monde est fou, un pour le groupe français Elmer Food Beat et un autre pour le groupe Assassin.
En 1997, Jan Kounen réalise son premier long-métrage : Dobermann, adapté de l'œuvre de Joël Houssin. Ce film d'action excentrique et énergique met en scène le couple Vincent Cassel et Monica Bellucci, épaulés par Tchéky Karyo et les acteurs fétiches de Kounen : Dominique Bettenfeld et Antoine Basler, que l'on retrouve tous deux dans quasiment tous ses films. En 2011, le projet d'une suite est officiellement abordé.
Il faut attendre sept ans pour voir le second long-métrage de Jan Kounen : Blueberry, l'expérience secrète, adapté des bandes-dessinées éponymes de Gir et Charlier, sort en 2004. À cette occasion, Jan Kounen retrouve son acteur de Dobermann, Vincent Cassel. Pour le rôle de Mike Blueberry, Val Kilmer fut un temps envisagé. Le film est tourné en anglais et comporte principalement des acteurs anglophones : Michael Madsen, Juliette Lewis, Colm Meaney. Jan Kounen collaborera ensuite avec Guillermo Arévalo(en) sur de nombreux projets jusqu'en 2020. Le film, d'une grande liberté visuelle, divise la critique et déconcerte le public.
L'année suivante, en 2005, sort le documentaire D'autres mondes, offrant complément à Blueberry, l'expérience secrète. L'on y voit une partie des voyages de Jan en Amérique du Sud et son apprentissage du chamanisme et de la culture Shipibo-Conibo, en Amazoniepéruvienne.
Toujours dans cette veine mystique, sort en 2006, Darshan, l'étreinte[2], nouveau documentaire, cette fois-ci sur Amma, une femme indienne considérée comme une sainte dans son pays et pour laquelle des gens sont prêts à parcourir des kilomètres pour recevoir son étreinte (appelée darshan). Une nouvelle fois, le film est très sensoriel.
Fin 2009 sort Coco Chanel et Igor Stravinsky. Il met en scène la relation amoureuse et admirative entre Coco Chanel (Anna Mouglalis) et Igor Stravinsky (Mads Mikkelsen) au début des années 1910. Le film fait la clôture du Festival de Cannes 2009. Il s'agit du film le plus « sage » de Jan, délaissant les prouesses visuelles et les mouvements de caméra pour adopter un style plus posé. Le film effectue une modeste carrière en salles (100 000 entrées en deux semaines)[3].
Jan Kounen, qui a déjà dirigé Jean Dujardin dans 99 francs, accepte de réaliser un segment du film à sketches Les Infidèles, produit par l'acteur. Intitulée Ultimate Fucking, cette contribution du cinéaste met en scène Mélanie Doutey dans le rôle d'une manipulatrice et son compagnon à la ville Gilles Lellouche. Jugé trop trash et trop éloigné de l'univers du film, il est finalement coupé au montage, mais réintégré lors de la sortie en vidéo[4]. Cette décision est la source d'une brouille entre Kounen et Dujardin, qui compromet les chances d'une suite au succès 99 francs[5],[6]. C'est Beigbeder lui-même qui adapte finalement le roman Au secours pardon en 2016, sous le titre L'Idéal, avec Gaspard Proust dans le rôle d'Octave Parango.
En 2011, il est l'un des soutiens célèbres de la pétition du chef Raoni contre le barrage de Belo Monte[7]. L'année suivante, il confirme son engagement auprès du chef amazonien en tournant un spot de sensibilisation avec Vincent Cassel pour Planète Amazone[8] afin de dénoncer la participation d'entreprises européennes à la déforestation de l'Amazonie et les impacts de Belo Monte sur les peuples indigènes[9].
En 2016, il co-réalise le documentaire Mère Océan avec sa compagne Anne Paris, retraçant la grossesse de l'apnéiste Leina Sato accompagnée de Jean-Marie Ghislain, photographe, à la recherche de contacts rapprochés avec différentes espèces de cétacés dans plusieurs endroits du globe (Polynésie, Marquises, Hawaï, etc.).
Le , il décide de s'arrêter de fumer. Cela lui donne l'envie de faire un documentaire Vape Wave sur la cigarette électronique. Ce documentaire va au cœur du monde de la « vape » et de ses diverses facettes encore peu connues du grand public[10]. Sa réalisation a été financée en partie par un appel au financement participatif[11]. Le film est présenté lors de du festival Tous Écrans de Genève fin 2016. Le film est diffusé pour la première fois à la télévision suisse sur RTS Deux le .
En il est nommé parrain de la sixième promotion de l'École de la cité, école de cinéma fondée par Luc Besson.
La même année, il réalise la mini série The Show (sexe, drogues et algorithmes), une libre adaptation du roman du même nom de Filip Syta. La série se compose de 8 épisodes de 8 à 17 minutes disponibles sur l'application mobile Blackpills depuis le .
« Ayahuasca et Cinéma : dialogue avec Jan Kounen » inRomuald Leterrier, La Danse du serpent : Réflexions sur l'Ayahuasca, le réel, et le savoir visionnaire, Autrecourt, Chamaneditionumeric, , 282 p. (ISBN979-10-90289-00-0)
Distinctions
Grand prix du court-métrage du Festival du film fantastique d'Avoriaz en 1989 pour Gisèle Kérozène ;
The Dogwalkers : adaptation du roman Trois hommes, deux chiens et une langouste de Iain Levison. Jan Kounen décrit ce projet comme une « comédie barrée ». En , il dit en être au stade de l'écriture, avec des acteurs en tête et souhaiterait le tourner dans l'année[17].
Windwalkers: Chronicle of the 34th Horde : projet de film d'animation tiré du roman La Horde du Contrevent. Il s'agirait du premier film d'animation du réalisateur. Le film serait en langue anglaise, tourné en 3D, en capture de mouvement et verrait Marc Caro diriger les effets spéciaux[18]. Selon ses propres dires, il s'agit d'un projet « titanesque »[17].
Projets abandonnés
99 roubles : Jan Kounen a travaillé sur une possible suite à 99 francs. Baptisé 99 roubles, le film aurait été l'adaptation du livreAu secours pardon de Frédéric Beigbeder et aurait vu le retour de Jean Dujardin dans la peau du publicitaire Octave Parango[19]. Le projet a semblé néanmoins avoir du plomb dans l'aile à la suite de l'éviction du segment réalisé par Jan Kounen pour le film à sketches Les Infidèles, produit par Jean Dujardin[5]. En , il annonce que le projet ne se fera pas, ou en tout cas pas avec lui[17]. Le livre est finalement adapté au cinéma par Frédéric Beigbeder lui-même en 2015 sous le titre L'Idéal.
Dobermann 2 : un temps évoquée, la suite à Dobermann[20] ne se fera finalement pas. Réticent au départ, Jan Kounen fut un moment tenté, mais c'est Vincent Cassel qui ne souhaite désormais plus le faire, et comme l'explique Jan Kounen : « S'il n'y a pas Vincent, je ne le fais pas, donc peut-être que le projet se fera mais ce sera sans nous. »[17]