Le , au cours du meeting de La Chaux-de-Fonds, en Suisse en altitude, Isaac Makwala établit un nouveau record d'Afrique du 400 m en parcourant la distance en 44 s 01, améliorant de neuf centièmes de seconde l'ancienne meilleure marque continentale détenue depuis 2006 par le Congolais Gary Kikaya[4]. Lors de ce même meeting, le Botswanais descend pour la première fois de sa carrière sous les 20 secondes sur 200 m en établissant la marque de 19 s 96[5] (-0,4 m/s).
Lors des championnats d'Afrique 2014 se déroulant à Marrakech au Maroc, Makwala conserve son titre continental sur 400 m en établissant un nouveau record des championnats en 44 s 23[6]. Il remporte par ailleurs la médaille d'argent du 200 m derrière l'Ivoirien Wilfried Koffi, et s'adjuge la médaille d'or du relais 4 × 400 m en compagnie de Pako Seribe, Nijel Amos et Leaname Maotoanong. L'équipe du Botswana établit à cette occasion un nouveau record du Botswana en 3 min 1 s 89. Sélectionné dans l'équipe d'Afrique lors de la 2e coupe continentale, à Marrakech, il se classe deuxième du 400 m, derrière l'Américain LaShawn Merritt, et remporte l'épreuve du relais 4 × 400 m.
Aux Jeux olympiques de 2016 à Rio de Janeiro, il est éliminé en demi-finale du 400 m avec le 22e temps, puis termine 5e en finale du relais 4 × 400 m.
Le , à Madrid, Isaac Makwala remporte le 200 m en établissant la meilleure performance mondiale de l'année à 19 s 77 (0,0 m/s), améliorant son record personnel de 19 s 96 établi en 2014, nouveau record du Botswana. Lors de cette même compétition, il remporte l'épreuve du 400 m et réalise son deuxième meilleur temps de sa carrière en 43 s 92.
Controverse aux Championnats du monde de Londres 2017
Lors des Championnats du monde de Londres, Isaac Makwala passe facilement le cap des séries en 44 s 55[9] et de la demi-finale en 44 s 30 du 400 m, confirmant ainsi être le grand rival du Sud-Africain Wayde van Niekerk[10]. Le lendemain, il ne se présente pas aux séries du 200 m, épreuve où il détient le meilleur temps mondial de l'année, et ce à cause d'une intoxication alimentaire[11]. On apprend par la suite que cela concerne une trentaine d'athlètes de l'hôtel où est logé le Botswanais[11]. Malheureusement, il est obligé de déclarer forfait pour la finale du 400 m qui se déroule le jour suivant[12],[13],[14]. En effet, une loi britannique empêche un sportif de concourir si celui-ci est contagieux : il doit être placé en quarantaine afin d'éviter tout risque[15]. L'IAAF publie un communiqué le soir même () sur la décision de retirer le Botswanais de la finale, à la suite de tests médicaux[16]. Pourtant, le président de la Botswana Athletics Association nie ces propos et précise sur le plateau de la BBC qu'aucun test n'a été effectué et qu'aucun docteur n'est venu l'examiner Isaac Makwala[17]. La Fédération et l'athlète crient au complot, considérant que « quelque chose de louche se passe ici »[17].
Finalement, le lendemain, l'IAAF organise une série spéciale pour l'athlète au 200 m, et exige qu'il coure en 20 s 53 ou mieux pour rejoindre les demi-finales : Isaac Makwala court à 18h40, sous une pluie battante, en 20 s 20[18]. Deux heures plus tard, il participe aux demi-finales où, au couloir 1, il termine 2e en 20 s 14 et se qualifie pour la finale[19], où il termine 6e après avoir craqué à 50 mètres de la ligne d'arrivée (20 s 44)[20].
Le , lors du Weltklasse Zürich, étape finale de la Ligue de diamant et dans une nouvelle formule où le vainqueur de la finale remporte le trophée, il décroche le titre en s'imposant en 43 s 95.
2021 : Relais mondiaux et Jeux olympiques de Tokyo
↑ a et bRédaction, « Isaac Makwala et plusieurs athlètes logés dans le même hôtel victimes d'une gastro-entérite », L'ÉQUIPE, (lire en ligne, consulté le )
↑« Le duel Van Niekerk - Makwala n'aura finalement pas lieu », Orange Sports, (lire en ligne, consulté le )
↑Rédaction, « 400m : Isaac Makwala privé de finale aux Mondiaux », L'ÉQUIPE, (lire en ligne, consulté le )
↑« Mondiaux de Londres : Malade, Isaac Makwala est contraint de déclarer forfait pour la finale du 400m », Eurosport, (lire en ligne, consulté le )
↑Rédaction, « 400m : Isaac Makwala privé de finale aux Mondiaux », L'ÉQUIPE, (lire en ligne, consulté le )
↑ a et bA. Ba. avec AFP, « L'IAAF s'explique sur le retrait d'Isaac Makwala », L'ÉQUIPE, (lire en ligne, consulté le )
↑« VIDÉO - Mondiaux d’athlétisme : Makwala en demi-finales du 200 m après avoir couru… tout seul ! », europe1, (lire en ligne, consulté le )
↑« Mondiaux d’athlétisme: la saga Makwala se poursuit, sur 200m », RFI, (lire en ligne, consulté le )
↑avec S.K. à Londres, « Championnats du monde : Le titre pour Ramil Guliyev sur 200m, Wayde van Niekerk deuxième », L'ÉQUIPE, (lire en ligne, consulté le )
