En mai 2016, à Gaborone, Baboloki Thebe établit les minima olympiques dans deux épreuves et améliore ses records personnels en réalisant 44 s 22 le 21 mai sur 400 mètres (record d'Afrique junior), puis 20 s 21 sur 200 mètres dès le lendemain[1]. Pour sa première participation à un meeting de la Ligue de diamant, le 5 juin 2016 lors du Birmingham Grand Prix, il se classe sixième de la course avec le temps de 45 s 54.
Il devient champion d'Afrique du 400 m en 44 s 69[2]. Lors des Championnats du monde juniors 2016 à Bydgoszcz où il était le grand favori, il est disqualifié pour avoir mordu sur le couloir intérieur, lors des demi-finales : il avait terminé sa course en 44 s 67, ce qui aurait constitué le record des championnats.
Le 21 mai 2016, il porte son record personnel à 44 s 22 à Gaborone (National Stadium).
En 2018, il remporte le relais 4 x 400m des Jeux du Commonwealth et termine deuxième de l'épreuve individuelle. Il conserve également son titre sur 400m aux championnats d'Afrique
