Ce diocèse est un suffragant de l'archidiocèse de Grouard-McLennan. De 1908 à 1916, il s'appelle la préfecture apostolique de Yukon-Prince-Rupert, mais il devient un vicariat apostolique en 1916. En 1944, le vicariat est partagé en deux et s'appelle désormais le vicariat apostolique de Whitehorse.
Le territoire diocésain a une superficie de plus de 723 500 km². Il y a 9 175 diocésains et 13 prêtres dans la région métropolitaine de Whitehorse. Les catholiques forment près de 26 % de la population totale, une donnée qui n'a pas beaucoup évolué depuis cinquante ans. Il y a vingt-trois paroisses dans cette partie du grand nord canadien et dix-huit religieux et religieuses.
