Lors des premières années de l'histoire de Terre-Neuve, le pays était gouverné avec le même code pénal que l'Irlande, qui pénalisait la religion catholique. L'évêque Michael Anthony Fleming a obtenu la liberté de culte pour les fidèles de son diocèse.
Le , la préfecture apostolique de Saint-Jean a été établie alors que les catholiques de Terre-Neuve ont progressivement acquis la liberté religieuse, rendue explicite par une déclaration publique du gouverneur John Campbell . Après une demande des marchands irlandais de St. John's à Mgr William Egan, évêque de Waterford et Lismore , James Louis O'Donel a été nommé préfet apostolique de Terre-Neuve, en tant que juridiction pré-diocésaine ayant droit à un évêque titulaire et exempté, c'est-à-dire directement sous la direction du Saint-Siège, et ne faisant partie d'aucune province ecclésiastique. En plus de la popularité personnelle d'O'Donel, l'une de ses qualifications pour le poste était sa capacité à prêcher en gaélique.
En 1870, la préfecture apostolique de l'ouest-de-Terre-Neuve est créée à partir des terres du diocèse Saint-Jeannais. En 1904, St. John's a été élevée à un archidiocèse et contient actuellement 40 paroisses, 39 prêtres diocésains actifs, 33 prêtres religieux et 120 135 catholiques. Il compte également 220 religieuses et 42 religieuses.
Le catholicisme progresse beaucoup à Terre-Neuve au début du XXe siècle, et le nombre de fidèles a presque triplé de 1950 à 2000.
Scandale de l'orphelinat Mount Cashel
En 2019, la Cour d’appel de Terre-Neuve-et-Labrador a déclaré l’archidiocèse de Saint-Jean responsable des abus sexuels commis contre quatre garçons dans les années 1940, 1950 et 1960[1]. La Cour a reconnu que même si la congrégation des Frères chrétiens d’Irlande (Christian Brothers of Ireland) gérait l’orphelinat, l’archidiocèse a permis aux religieux de commettre des abus sexuels impunément pendant des décennies. Le juge a accordé 2,4 millions de dollars à quatre victimes, mais il a aussi ouvert la voie à une centaine d’autres litiges contre l’archidiocèse.
En 2022, l'archidiocèse met en vente des bâtiments dans 34 paroisses, y compris la basilique de St. John the Baptist, dans l'intention de dédommager les victimes[2]. Les fidèles avaient jusqu'au 2 juin 2022 pour acheter les églises.