À la suite du concordat de 1801, par la bulleQui Christi Domini du , le pape Pie VII conserve le diocèse de Carcassonne pour les départements de l'Aude et des Pyrénées-Orientales ainsi que le canton de Quérigut du département de l'Ariège.
Le , le titre du siège supprimé de Narbonne est transféré de Toulouse au diocèse de Carcassonne qui prend son nom actuel de diocèse de Carcassonne et Narbonne.
En janvier 2009, les anciens sièges épiscopaux d'Alet et de Saint-Papoul, situés sur le territoire diocésain, sont restaurés en tant que sièges titulaires.
Outre les basiliques Saint-Just et Saint-Pasteur de Narbonne et Saint-Nazaire et Saint-Celse de Carcassonne, le diocèse compte deux autres basiliques mineures :