À partir de 1898, sa tâche est compliquée par les troubles engendrés par l'affaire Dreyfus. Le , lors de l'arrivée à Paris du nouveau président de la République, Émile Loubet, de nombreux manifestants conspuent le chef de l’État sans grande réaction de la police, ce qui sera reproché à Blanc[4]. Le suivant, le préfet de police est présent à l'hippodrome d'Auteuil, où des antidreyfusards provoquent une bagarre qui culmine avec l'agression de Loubet par le baron de Christiani[5]. De nouveaux désordres, accompagnés de brutalités policières, ont lieu le à l'hippodrome de Longchamp : le bruit d'une démission de Blanc commence alors à circuler.
Après le renversement du gouvernement Dupuy, l'une des premières mesures prises par le gouvernement Waldeck-Rousseau afin de rétablir l'ordre consiste à rappeler Lépine à la préfecture de police dès le . Deux jours plus tard, Blanc est nommé à la place qu'occupait Lépine au conseil d’État[6].
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