Hayashi ylennettiin täyden kenraalin arvoon vuonna 1932.[1] Hän oli Japanin ylimmän sotaneuvoston jäsen vuosina 1932–1934 ja 1935–1936.[3] Hän oli sotaministerinä Makoto Saitōn ja Keisuke Okadan hallituksissa vuosina 1934–1935.[3][2] Sotaministerinä Hayashi pyrki puhdistamaan armeijan edeltäjänsä Sadao Arakinfasismia myötäilevistä kannattajista ja siirsi noin 5 000 upseeria pois tärkeistä tehtävistä.[1] Helmikuussa 1937 pääministeriksi nimitetty Hayashi halusi hallituksensa olevan riippumattoman kaikista poliittisista ryhmäkunnista, joten hän vaati ministereitään irtisanoutumaan puolueista ja yritti tukahduttaa avoimet keskustelut parlamentissa. Pian Hayashi kuitenkin ilmaisi tukensa oikeistolaiselle ja armeijamyönteiselle Shōwakai-puolueelle ja hajotti parlamentin toivoen vaalivoittoa, joka mahdollistaisi yksipuoluejärjestelmän perustamisen. Opposition kuitenkin voitettua vaalit hallitus erosi jo toukokuussa 1937.[1][2] Hayashi oli tämän jälkeen vielä valtakunnanneuvoston jäsenenä vuosina 1940–1941.[3]
