Hänen tunnetuin saavutuksensa lienee Dijkstran algoritmina tunnettu graafialgoritmi. Dijkstra käytti myös ensimmäistä kertaa esimerkkiä ”aterioivista filosofeista” esimerkkinä synkronoimisongelmasta vuonna 1965. Dijkstra myös esitteli semaforien konseptin.[2][3] Eindhovenin yliopistossa hän johti ryhmää, joka toteutti THE-käyttöjärjestelmän.[1]Turing-palkinnon hän sai 1972.[1]
Vuonna 1968 Dijkstra kirjoitti artikkelin Go To Statement Considered Harmful GOTO-käskystä.[4] Dijkstran mukaan samanlaisia ehdotuksia GOTO:n rajoittamiseksi ovat esittäneet myös Niklaus Wirth ja C. A. R. Hoare vuonna 1966 ALGOLiin liittyen (artikkelissa A contribution to the development of ALGOL).[4] Dijkstran kirjoitus on muodostunut klassikoksi tietojenkäsittelytieteessä.
Dijkstra oli mukana ryhmässä, joka toteutti ensimmäisen ALGOL 60 -kääntäjän. 1970-luvulta lähtien Dijkstran tutkimus keskittyi ohjelmien formaaliin verifiointiin, ohjelman oikeellisuuden todentamiseen formaaleilla menetelmillä.
Dijkstra kuoli syöpään 6. elokuuta 2002 pitkällisen sairauden jälkeen.
