Baikonurin kosmodromi rakennettiin 1950-luvun alussa Leninskin kaupungin lähelle Kazakstanin neuvostotasavaltaan. Alkuperäinen Baikonurin kaivoskylä sijaitsee 320 km avaruuskeskuksesta koilliseen. Toinen nimi annettiin julkisuuteen sotilaallisen rakettikeskuksen tarkan paikan salaamiseksi. Tiuratamin kylä on avaruuskeskuksen lähellä – senkin nimeä on käytetty itse kosmodromista. Leninskin kaupungin rakentaminen aloitettiin koodinimellä Zarja (Auringonnousu).
Rakennustyö tuolloisessa Neuvostoliiton puolustusministeriön NIIP-5-ohjuskoealueella alkoi 12. helmikuuta 1955. [1]
Avaruuskeskuksen rakentamista johti raketti-insinööri Vladimir Barmin. Keskus rakennettiin alun perin Neuvostoliiton mannertenvälisten ballististen ohjusten testikeskukseksi, koska Kapustin Jarin rakettikeskus ei tiheämmin asutulla seudulla sopinut tähän toimintaan. Keskus avattiin 2. kesäkuuta 1955.[2]
Maailman ensimmäisen ydinaseen kuljettavan mannertenvälisen R-7-ohjuksen (ICBM) ensimmäinen onnistunut koelaukaisu tehtiin Baikonurista 23. elokuuta1957. Aiemmin, 15. toukokuuta ja 12. kesäkuuta 1957, tehtiin laukaisuvalmisteluita, mutta niitä ei jatkettu laukaisuun asti pyrkien riskien minimointiin.
Neuvostoliiton sotilaallisten avaruusalusten laukaisut tehtiin 1960-luvun puolivälistä eteenpäin pääosin Plesetskin avaruuskeskuksesta.
Venäjän federaation Baikonurin kosmodromi
20. joulukuuta 1995 Kazakstanin presidentti nimesi Leninskin kaupungin virallisesti Baikonuriksi.
Maaliskuussa 2005 Venäjän federaatio vuokrasi avaruuskeskuksen Kazakstanilta 45 vuodeksi 115 miljoonan dollarin vuosittaisella maksulla. Vuokra-aikaa, joka päättyy vuonna 2050 ja sitä voidaan pidentää kymmenellä vuodella. 2000-luvun alun maksukiistojen vuoksi Venäjä alkoi myös laajentaa Plesetskin avaruuskeskustaanArkangelin alueella. Baikonurin 50-vuotisjuhlaa vietettiin 2. kesäkuuta 2005, ja juhlassa Venäjän presidentti Vladimir Putin julkisti 163 miljoonan euron yhteistyösopimuksen, jonka mukaan Kazakstan ja Venäjä kehittävät uuden Baiterek-kantoraketin. Venäjältä kuluu vuokran lisäksi 50 miljoonaa dollaria vuodessa Baikonurin kosmodromin ylläpitoon. [3]
Venäjä on ilmoittanut jatkavansa Baikonurin käyttöä ainakin vuoteen 2050, ja huhtikuussa 2010 Kazakstanin parlamentti ratifioi sopimuksen vuokra-ajan jatkamisesta siihen asti.[4] Vuoden 2010 alussa Venäjän avaruusjärjestö on kuitenkin saanut aluevarauksen Amurin alueelta uudelle Vostotšnyin kosmodromilleVenäjän kaukoidässä. Tämän Baikonurin korvaavan kosmodromin rakentaminen alkoi 2011. Sen oli tarkoitus valmistua vuonna 2018. Kosmodromi on käytössä, mutta rakennustyöt kesken 2023. Vuonna 2010 Baikonurin kaupungin 60 000 asukkaasta vajaat puolet on venäläisiä, joiden määrä tulee vähenemään. Mannertenvälisten ohjusten testaus on jo aiemmin siirretty Plesetskin kosmodromille. Helmikuussa 2010 Kazakstan ilmeisesti asetti jälleen kerran uusia vaatimuksia Baikonurin kosmodromin toiminnalle.[5]
Vuoden 2009 keväällä miehitetyn Sojuz TMA-13 avaruuslennon paluu Kazakstaniin viivästyi, ja sen laskeutumispaikkaa siirrettiin pohjoisemmaksi Kazakstanin kevättulvien vuoksi. Tulvat eivät koskettaneet itse avaruuskeskusta, mutta tulvaa on pidetty keskuksen perustamisesta alkaen riskinä.[6]
7. maaliskuuta 2023 Kazakstanin hallitus otti hallintaansa Baiterekin laukaisukompleksin, joka on yksi Baikonurin avaruuskeskuksen laukaisupaikoista, ja kielsi alueella olevien venäläisten virkamiehisten poistumasta maasta ja esti Venäjän avaruusjärjestön omaisuuden myymisen. Baikonurin takavarikoinnin syistä oli se, että Venäjä ei pystynyt maksamaan 29,7 miljoonan dollarin velkaa Kazakstanin hallitukselle. Takavarikointi tuli sen jälkeen, kun Venäjän suhteet Kazakstaniin olivat jo kiristyneet käynnissä olevan Ukrainan sodan vuoksi[7].