Eriti suure teadusliku tähtsusega on Eichwaldi tööd Venemaa paleontoloogia vallas. Lisaks hulgale artiklitele ja märkustele tegi ta esimese katse võtta kokku ja kirjeldada kogu Venemaal seni kogutud paleontoloogiline materjal. See ilmus teoses "Палеонтология России", mille 1. köide ilmus 1854 ja teine köide 1861. Hiljem andis ta selle täiendatud prantsuskeelse tõlke "Paleontologie de la Russie" välja 4 köites koos atlasega1860–1868. Siiski on mõlemas teoses suuri vigu. Osalt tulid need autori iseloomust: vananedes muutus ta väga enesekindlaks, kaldus liialdama, ei armastanud tunnistada oma vigu. Osalt tulid vead uuritavast materjalist, mille olid kogunud sageli kogemusteta inimesed või mis olid Eichwaldi kätte jõudnud teiste ja kolmandate isikute kaudu. Seetõttu, kui Eichwald kirjeldab mingile piirkonnale või ladestule omaseid vorme või tunnuseid, siis pole need kirjeldused sugugi alati usaldusväärsed. Sellegipoolest pole Eichwaldi teos tänapäevani oma tähtsust kaotanud ja tema paleontoloogiakogu asub Peterburi Riiklikus Ülikoolis.