Aastatel 1986–2003 oli Fire Marylandi osariigis Baltimore'is Washingtoni Carnegie Instituudi embrüoloogia osakonna töötaja. Esialgne töö kaheahelalise RNA kui geenivaigistuse käivitaja kohta avaldati ajal, kui Fire ja tema töörühm töötasid Carnegie laborites. [1] Fire sai 1989. aastal Johns Hopkinsi ülikooli bioloogia osakonna abiprofessoriks. 2003. aastal asus ta tööle Stanfordi ülikooli.
2006. aastal said Fire ja Craig Mello Nobeli füsioloogia- või meditsiiniauhinda töö eest, mis ilmus esimest korda 1998. aastal ajakirjas Nature. [3] Fire ja Mello koos kolleegide SiQun Xu, Mary Montgomery, Stephen Kostase ja Sam Driveriga avastasid, et kaheahelalise RNA (dsRNA) jupid sulgesid konkreetsed geenid, põhjustades Informatsiooni-RNA (mRNA) hävitamist järjestustega, mis sobitusid dsRNA-ga. Selle tagajärjel ei saa mRNA-d valkudeks üle kanda. Fire ja Mello leidsid, et dsRNA oli geenide vaigistamisel palju tõhusam kui varem kirjeldatud meetod RNA sekkumiseks üheahelalise RNA-ga. Kuna vaadeldud efekti jaoks oli vaja ainult väikest arvu dsRNA molekule, pakkusid Fire ja Mello, et kaasatud on katalüütiline protsess. Seda hüpoteesi kinnitasid järgnenud uuringud.
Rootsi Karolinska Instituudi poolt välja antud Nobeli auhinna põhjenduses öeldi: "Selle aasta Nobeli auhinna laureaadid on avastanud alusmehhanismi geneetilise teabe liikumise kontrollimiseks."
Brandeisi ülikooli 2005. aasta Lewis S. Rosenstieli auhind silmapaistva töö eest meditsiiniuuringutes (koos Victor Ambrose, Craig Mello ja Gary Ruvkuniga)
Gairdneri fondi rahvusvahelise auhind (koos Craig Melloga) 2005. aastal
Massry auhind 2005. aasta (koos Craig Mello ja David Baulcombe'iga)
2006. aastal Paul Ehrlichi ja Ludwig Darmstaedteri preemia (koos Craig Melloga)