Naskiĝinte en Londono li studis en Kembriĝo kaj laboris kiel altranga oficisto ĝis 1689.
La ĉefverko de Samuel Pepys estas lia taglibro, kiun li verkis en mem-inventita sekreta skribo inter la jaroj 1660 kaj 1669. Fakte nur en la jaro 1825 oni remalkovris tiun ĉi taglibron inter la libraro, kiun li heredigis al la Kembriĝa Universitato; oni deĉifris kaj publikigis ĝin. Nuntempe ĝi estas konsiderata grava dokumento pri la vivo kaj la okazaĵoj dum tiu tempo.