Post la morto de Ludoviko, Maria akceptis la oficon de guberniestro de la Hispana Nederlando kaj havis tiun inter 1531 kaj 1555.
Ŝi estis virino de tre alta moralo kaj elstara politika kaj administra valoro, amplekse rekonita ene de la familio Habsburgo kiel plej inteligenta en la familio. Danke al ŝi, ĉar ŝi estis perantino inter siaj fratoj Karlo la 5-a kaj Ferdinando la 1-a, oni evitis la ruinigon de la dinastio, ĉar ŝi vivigis la ligon inter ambaŭ.