La nomo Malalta Bavario estis unuafoje oficiale uzita dum la unua disdivido de Bavario en 1255. Tiam ĝi ampleksis teritoriojn sufiĉe altajn, interalie la regionojn de lago Chiemsee kaj de Bad Reichenhall, kiu situas en la nordaj Alpoj.
La dukoj de Bayern-Landshut (Malalta Bavario) iam estis regantoj de sufiĉe granda teritorio, konsiderinde pli granda ol nuna Malalta Bavario.
Geografio kaj agrokulturo
Malsupra Bavario situas ambaŭflanke de la rivero Danubo kaj estas (kompare kun Supra Bavario malalta; en ĝia agrokulturo gravas interalie kukumetoj kaj lupolo. Pri kukumetoj ĝi estas la plej granda kultivejo en Eŭropo. Ĝi enhavas parton de la monde plej granda kultivejo de lupolo, Hallertau.