Τα Αθηναϊκά τοπικά πρωταθλήματα Αθηνών της αγωνιστικής περιόδου 1999-00 (τελευταία για τον 20ό αιώνα) διεξήχθησαν σε δυο ομίλους (των 19/18 ομάδων) για την πρώτη κατηγορία, τέσσερις ομίλους στη δεύτερη και έξι ομίλους στην τρίτη κατηγορία.
Το πρωτάθλημα της Α΄ ΕΠΣΑ κατέκτησαν οι Άγιοι Ανάργυροι στον Α΄ όμιλο (η ομάδα αυτή κατέκτησε τον τίτλο του πρωταθλητή Αθηνών μετά από 68 χρόνια)[1] και η Αγία Ελεούσα στο Β΄ όμιλο.[2] Υπερπρωταθλήτρια αναδείχθηκε η ομάδα της Αγίας Ελεούσας που νίκησε στον άτυπο Τελικό ο οποίος έγινε στα Γλυκά Νερά στις 14 Μαΐου 2000, με σκορ 1-0 τον αντίπαλό της, από γκολ του Στέλιου Βογιατζή στην παράταση (92ο λεπτό)[3].
