Οι πρωταθλήτριες των δυο ομίλων της Α κατηγορίας της ΕΠΣ Αθηνών προβιβάζονται στη Γ΄ Εθνική ερασιτεχνική κατηγορία. Η ομάδα που ανακηρύσσεται κυπελλούχος ΕΠΣ Αθηνών, αποκτά το δικαίωμα συμμετοχής στο Κύπελλο Ελλάδας της επόμενης περιόδου
Η δομή του πρωταθλήματος της Ε.Π.Σ. Αθηνών είναι η εξής:
Α΄ κατηγορία (2 όμιλοι)
Β΄ κατηγορία (3 όμιλοι)
Γ΄ κατηγορία (4 όμιλοι)
Α΄ κατηγορία
Οι πρωταθλήτριες των δυο ομίλων Α.Ε. Κηφισιάς και Φωστήρας Ταύρου προβιβάστηκαν στη Γ΄ Εθνική. Οι δυο τελευταίες κάθε ομίλου υποβιβάζονται, αλλά ο ακριβής αριθμός των ομάδων που θα υποβιβαστούν εξαρτάται από πόσες ομάδες θα ανέβουν στη Γ΄ Εθνική και πόσες θα υποβιβαστούν από αυτή. Έτσι μετά το τέλος της κανονικής περιόδου γίνονται αγώνες κατάταξης μεταξύ των ομάδων που τερμάτισαν στην ίδια θέση στους δυο ομίλους για την δημιουργία ενιαίας κατάταξης και "σειράς προτεραιότητας" στους υποβιβασμούς. Την περίοδο 2018-19 λόγω του υποβιβασμού από τον 7ο όμιλο της Γ΄ Εθνικής του Χαραυγιακού, έγινε αγώνες κατάταξης μεταξύ των ομάδων που τερμάτισαν στη 14η θέση των ομίλων τους.
Την άνοδο στην Α΄ ΕΠΣΑ κέρδισαν 2 ομάδες από κάθε όμιλο, οι πρωταθλήτριες κάθε ομίλου και οι νικήτριες αγώνων κατάταξης μεταξύ των ομάδων που κατέλαβαν τη 2η και 3η θέση. Δεν έγιναν αγώνες κατάταξης στον 2ο όμιλο λόγω μεγάλης βαθμολογικής διαφοράς των ομάδων που τερμάτισαν σ'αυτές τις θέσεις.
Λόγω του υποβιβασμού μιας ομάδας μέλους της ΕΠΣ Αθηνών από τη Γ Εθνική, 9 συνολικά ομάδες, οι τρεις τελευταίες κάθε ομίλου, υποβιβάστηκαν στη Γ΄ κατηγορία[1]
52 σύλλογοι χωρισμένοι σε 4 ομίλους απαρτίζουν τη Γ΄ Κατηγορία της ΕΠΣ Αθηνών για την περίοδο 2015-16. Οι πρώτες 4 ομάδες κάθε ομίλου αγωνίστηκαν σε αγώνες κατάταξης από όπου προέκυψαν ,συνολικά, 10 ομάδες που προβιβάστηκαν.
Σε σχέση με την προηγούμενη περίοδο , επανήλθε ο Άφοβος , δε δήλωσε συμμετοχή η Ειρήνη Πετρούπολης καθώς και ο ΠΑΣ Αθηνών 1966 που συμμετείχε μόνο στα πρωταθλήματα υποδομής.