Το 1612, όταν ο Αχμέτ Α΄ επιτέθηκε στην Αυστροουγγαρία, αυτός ετοίμασε στρατό 20.000 ανδρών και ετοιμάστηκε να τον πολεμήσει. Τον Νοέμβριο του 1612 κατάφερε να νικήσει τον Αχμέτ Α΄ στο Κέτσκεμετ και λίγες μέρες αργότερα στο Ζάλαεγκερζεγκ. Ο Αχμέτ Α΄ παράτησε τα σχέδια του και επέστρεψε στην Κωνσταντινούπολη. Το 1615 επιτέθηκε στους Παξούς και έτσι άρχισε ξανά ο πόλεμος. Μετά από λίγο ο Αχμέτ κατάκτησε και την Κέρκυρα και τον Ιούνιο του 1616 επιτέθηκε στο Παλέρμο, όμως έχασε στη Μάχη της Τζέλα και έτσι απέσυρε τα σχέδια του. Τον Αύγουστο του 1616 ο Αχμέτ Α΄ επιτέθηκε στους Παξούς και τους κατέκτησε, ενώ τον Μάρτιο του 1617 κατέκτησε την Κέρκυρα.
Στις 21 Νοεμβρίου ο Ματθίας επιτέθηκε στην Ριέκα, την οποία και κατέκτησε. Τον Νοέμβριο του 1618 ο Ματθίας επιτέθηκε στην Λιουμπλιάνα, αλλά μετά από μια σύντομη μάχη αναγκάστηκε να υποχωρήσει. Το 1618 ξέσπασε η εξέγερση της Βοημίας, η πρώτη φάση του Τριακονταετούς Πολέμου. Πέθανε το 1619. Τον διαδέχθηκε ο εξάδελφός του, Φερδινάνδος Β΄.