Στην εποχή του το παλαιό θρησκευτικό κίνημα του Πέτρου Βάλδου αναζωπυρώθηκε προσχωρώντας στη Μεταρρύθμιση. Ο Κάρολος Εμμανουήλ Β΄ κατεδίωξε τους οπαδούς του, τους Βαλδένσιους, με αποκορύφωμα τη σφαγή τους το 1655. Αυτή ήταν τόσο βίαιη που ο ποιητής Τζον Μίλτον έγραψε το σονέτοΣτην αλησμόνητη σφαγή του Πεδεμοντίου. Ο Όλιβερ Κρόμγουελ κάλεσε σε ετοιμότητα τη Βρετανία και πρότεινε να στείλει το Ναυτικό αν δεν σταματούσε η σφαγή, ενώ συγκέντρωνε χρήματα για να βοηθήσει του Βαλδένσιους. Αργότερα έγραψε και την Ιστορία των Ευαγγελιστών του Πεδεμοντίου.
Όταν απεβίωσε η μητέρα του το 1663, ανέλαβε ουσιαστικά την εξουσία. Για να αποκτήσει πέρασμα εις βάρος της Γένουας προκάλεσε το 2ο Πόλεμο Γένουας-Σαβοΐας, αλλά ατελέσφορα. Με δυσκολία κρατούσε την επιρροή της ισχυρής Γαλλίας. Η ανάπτυξη του λιμένα της Νίκαιας και η διάνοιξη δρόμου διαμέσου των Άλπεων προς τη Γαλλία, βελτίωσε σημαντικά το εμπόριο και επέφερε πλούτο στο δουκάτο. Μεταρρύθμισε το στρατό, αντικαθιστώντας τους ως τότε μισθοφόρους με 5 συντάγματα, αναδιαμόρφωσε το ιππικό και εισήγαγε στολές. Αποκατέστησε τις οχυρώσεις. Έκτισε στο Τορίνο το Βασιλικό Ανάκτορο και άλλα καλαίσθητα κτήρια.
Απεβίωσε σε ηλικία 40 ετών το 1675 και ετάφη στον Καθεδρικό του Τορίνο. Τον διαδέχθηκε ο 9ετής υιός του με αντιβασίλισσα τη μητέρα του.
Oresko, Robert (2004). "Maria Giovanna Battista of Savoy-Nemours (1644-1724): daughter, consort, and Regent of Savoy". In Campbell Orr, Clarissa. Queenship in Europe 1660-1815: The Role of the Consort. Cambridge University Press. pp. 16–55. ISBN 0-521-81422-7.
