Ο Πάπας Ιωάννης Γ΄ της Αλεξάνδρειας ήταν ο 30ος Πάπας της Αλεξάνδρειας & Πατριάρχης της Έδρας του Αγίου Μάρκου.

Υπολογίζεται ως Ιωάννης Γ΄ από την Ορθόδοξη Εκκλησία, η οποία αναγνωρίζει τον Ιωάννη Ταλάια ως Ιωάννη Α΄, αλλά ως Ιωάννης Β΄ από τους Κόπτες που απορρίπτουν την Ταλάια.

Ήταν μοναχός, που ζούσε μία ασκητική ζωή στην έρημο, μέχρι που χειροτονήθηκε Πάπας και Πατριάρχης της Αλεξάνδρειας στις 29 Μαΐου 505.

Έγινε γνωστός για τη συγγραφή πολλών αγιογραφικών κειμένων και κηρυγμάτων.

Ήταν σύγχρονος του Ρωμαίου Αυτοκράτορα Αναστάσιου Α΄, ο οποίος ευνόησε τις προ-Χαλκηδόνιες εκκλησίες και του Σεβήρου Πατριάρχη της Αντιόχειας, του υπέρμαχου του Μιαφυσιτισμού στη Συρία. Ο τελευταίος έγραψε ένα μήνυμα στον Ιωάννη σχετικά με τη φύση του Χριστού, το οποίο έχει ως εξής:

"Ο Ιησούς Χριστός, έπειτα από την ένωση με τη σάρκα, έγινε με μία Φύση και μία Θέληση χωρίς διαχωρισμό και πιστεύω στην ίδια πίστη με τον πάπα Κύριλλο [Α΄ Αλεξανδρείας]και τον πάπα Διόδκορο [Α΄ αΑλεξανδρείας]."

Ο Ιωάννης Γ΄ απάντησε με ένα μήνυμα, που μαρτυρούσε την ένωση της ουσίας του Θεού και την τριάδα των χαρακτήρων Του. Διακήρυξε επίσης ότι με την ενσάρκωση του αιώνιου Υιού του Θεού, η Θεία και η ανθρώπινη φύση έχουν γίνει μία και όχι πλέον δύο φύσεις, χωρίς διαχωρισμό, συγχώνευση ή σύγχυση. Αναθεμάτισε αυτούς που διαχωρίζουν τις δύο φύσεις, εκείνους που τις συγχέουν και εκείνους που δήλωσαν ότι ο πόνος, που σταυρώθηκε ο Χριστός, ήταν μόνο ανθρώπινος και εκείνοι που λένε ότι η Θεία φύση Του υπέφερε και πέθανε. Είπε ότι η Ορθόδοξη πίστη δηλώνει ότι ο Θεός ο Λόγος υπέφερε κατά η σάρκα, με την οποία ήταν ενωμένος.

• «John III of Nicaea (505–516)». Official web site of the Greek Orthodox Patriarchate of Alexandria and All Africa. Ανακτήθηκε στις 7 Φεβρουαρίου 2011. 
• البابا يوأنس الثاني [Pope John II] (στα Αραβικά). Official website of St. Takla Haymanot's Church. Ανακτήθηκε στις 13 Φεβρουαρίου 2011.