Από το 2007 έως το 2016, ο Γιαννίκης είχε ρόλους στην Καρλσρούη ΣΚ, από προπονητής της ομάδα νέων έως βοηθός προπονητή στην πρώτη ομάδα.
Στις 14 Οκτωβρίου 2017, εντάχθηκε ως πρώτος προπονητής στην Ροτ-Βάις Έσσεν.[4]
Τη σεζόν 2018-19, ήταν ο προπονητής της ΒΦΡ Άαλεν.[5]
Στις 8 Ιουνίου 2019, ο ΠΑΣ Γιάννινα ανακοίνωσε την πρόσληψη του Γιαννίκη.[6]Στις 19 Μαΐου 2021, μετά το τέλος του αγώνα με τον Απόλλων Σμύρνης, ο ΠΑΣ Γιάννινα ανακοίνωσε ότι δεν θα συνεχίσει με τον ίδιο στον πάγκο.[7]
Στις 10 Οκτωβρίου 2021, ο Γιαννίκης υπέγραψε μονοετές συμβόλαιο με την ΑΕΚ.[8] Το Δεκέμβριο του 2021, η ομάδα ανανέωσε το συμβόλαιο του μέχρι το 2024. Την 1η Μαρτίου 2022, η ΑΕΚ ανακοίνωσε την απόλυση του Γιαννίκη.[9]
Στις 10 Ιανουαρίου 2024, ο Γιαννίκης ανέλαβε την τεχνική ηγεσία της Μόναχο 1860.[10]