Ο Αθηναϊκός αποτελεί ένα από τα 4 σωματεία που συμμετείχαν το 1924 στη δημιουργία της ΕΠΣ Αθηνών, μαζί τους Παναθηναϊκό και Απόλλωνα Σμύρνης (πρωτεργάτες της κίνησης για την ανεξαρτητοποίηση των αθηναϊκών ποδοσφαιρικών συλλόγων από την ΕΠΣ Ελλάδος), καθώς και το μικρής διάρκειας Μίλωνα Αθηνών[3]. Με την ίδρυση της ΕΠΟ το 1926 εγγράφηκε αμέσως στη δύναμή της, λαμβάνοντας αύξοντα αριθμό μέλους το 5.[4]
Ιδρύθηκε από ποδοσφαιριστές της ιστορικής ποδοσφαιρικής ομάδας Π.Σ. Γουδί. Το 1914 παίκτες από το Γουδί δημιούργησαν τη θυγατρική ομάδα "Χόουπ" (Hope: Ελπίς). Το 1917, που έγινε επίσημο σωματείο από το πρωτοδικείο, έλαβε το όνομα "Αθηναϊκός". Ως ιδρυτικά μέλη αναφέρονται οι: Ψύχας, Γόνας, Χρυσάφης, Πατούσας, Καγκελάρης (Στέφανος και Σπύρος)[5], Μανόπουλος, Μουρίκης, Ρόγης, Σαρρής και Παναγόπουλος. Ως το 1931 μετείχε στην Α΄ κατηγορία. Τότε, επειδή έδωσε φιλικό αγώνα με την μη αναγνωρισμένη ομάδα "Πράσινα Πουλιά", την οποία είχαν δημιουργήσει δυσαρεστημένοι παίκτες του Παναθηναϊκού, τιμωρήθηκε με υποβιβασμό στη Γ΄ κατηγορία. Το 1937 ανέβηκε ξανά στην Α΄ και στο πρωτάθλημα 1940-41 ήταν πρωτοπόρος στη βαθμολογία ως τις 28 Οκτωβρίου 1940 που ξέσπασε ο πόλεμος και διακόπηκε το πρωτάθλημα. Επικεφαλής τερμάτισε και στο ανεπίσημο πρωτάθλημα Αθηνών-Περιαιώς που διεξήχθη στα χρόνια της κατοχής, τη σεζόν 1943-44.[6]
1941-1952
Ως το Β΄ παγκόσμιο πόλεμο ήταν από τα πλουσιότερα σωματεία. Εκτός από ποδόσφαιρο, διατηρούσε τμήματα στίβου, κολύμβησης και σκοποβολής. Είχε πολυτελή γραφεία στη γωνία των οδών Χαλκοκονδύλη & Πατησίων, στα οποία στεγάζονταν και άλλα σωματεία καθώς και η ΕΠΣΑ. Τα γραφεία αυτά πυρπολήθηκαν στα γεγονότα του Δεκεμβρίου 1944 (Δεκεμβριανά), με αποτέλεσμα να καταστραφούν τα αρχεία και τα τρόπαια του συλλόγου και να μείνει άστεγος. Μεταπολεμικά βρέθηκε στην Α΄ κατηγορία και από το 1950 στην Α2 κατηγορία της ΕΠΣΑ. Τον Ιούλιο του 1952 συγχωνεύτηκε με την ομάδα του Βύρωνα Α.Ε. Νέας Ελβετίας (είχε ιδρυθεί το 1937 ως ανεξάρτητο σωματείο αρχικά, αλλά πριν τον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο έγινε επίσημο) και προέκυψε η νέα ονομασία Αθηναϊκός Νέας Ελβετίας Αθλητικός Σύλλογος. Συνήθως τον αποκαλούσαν Αθηναϊκό ή Αθηναϊκό Νέας Ελβετίας. Ο Αθηναϊκός είχε αριθμό μητρώου ΕΠΟ 5, τον οποίο διατήρησε και ο σύλλογος που προήλθε από τη συγχώνευση, ενώ η Νέα Ελβετία είχε Α.Μ. ΕΠΟ το 140. Το κόκκινο ήταν το χρώμα του Αθηναϊκού και το κίτρινο της Νέας Ελβετίας. Αγωνιζόταν μέχρι και τις αρχές της δεκαετίας του '60 στο γήπεδο της Νέας Ελβετίας που βρισκόταν κοντά στο Σκοπευτήριο της Καισαριανής από την πλευρά του Δήμου Βύρωνα. Ο Αθηναϊκός πούλησε αρκετούς παίκτες σε μεγάλες ομάδες, προκειμένου να συγκεντρώσει χρήματα για να εκσυγχρονίσει το συγκεκριμένο γήπεδο και γι' αυτό η ίδρυση της Α' Εθνικής το 1959 τον βρήκε αποδυναμωμένο και άρα εκτός μεγάλης κατηγορίας. Η έκταση του γηπέδου, ωστόσο, ανήκε σε ιδιώτη (Αναγνωστόπουλο) και παρά τις προσπάθειες του σωματείου να διασωθεί το γήπεδο μέσω της πολιτείας, αυτό οικοπεδοποιήθηκε.
1961-1970
Ο Αθηναϊκός διέθετε τμήμα καλαθοσφαίρισης πριν τον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο, ωστόσο λόγω έλλειψης σωζόμενων αρχείων η ίδρυση του τμήματος τοποθετείται στις 14 Αυγούστου1969, ημερομηνία επανίδρυσης επί προεδρίας Αθανασίου Αντωνόπουλου.[7] Ο σύλλογος συμμετείχε για πρώτη φορά σε επίσημο αγώνα κατά την αγωνιστική περίοδο 1969-70, λαμβάνοντας μέρος στο Πρωτάθλημα Γ' Κατηγορίας Αττικής.
1971-1980
Ο Αθηναϊκός διατηρεί τμήμα χειροσφαίρισης από τα τέλη της δεκαετίας του 1970, οπότε και διοργανώθηκε για πρώτη φορά επίσημο πανελλαδικό πρωτάθλημα. Κατά τη διάρκεια της πορείας τους, τόσο το ανδρικό όσο και το γυναικείο τμήμα διαγωνίστηκαν σε διάφορες περιστάσεις σε ευρωπαϊκές διοργανώσεις, όπως το Champions League Ανδρών και το Challenge Cup Γυναικών.[8]
Το 1995 η γυναικεία ομάδα χάντμπολ του Αθηναϊκού κατακτά το Κύπελλο Ελλάδος. Το 1997 αναδεικνύεται και πάλι Κυπελλούχος Ελλάδας. Την ίδια χρονιά το Κύπελλο Ελλάδας στους άνδρες κατακτά και το ανδρικό τμήμα χάντπολ του Αθηναϊκού.
Στις 30 Μαρτίου2009 η ομάδα μπάσκετ γυναικών του Αθηναϊκού εξασφάλισε μαθηματικά το Πρωτάθλημα Ελλάδος. Για πρώτη φορά στην ιστορία της κορυφαίας κατηγορίας των ελληνικών γυναικείων πρωταθλημάτων μπάσκετ μία ομάδα κατακτά αήττητη το πρωτάθλημα.
Το 2010 ο Αθηναϊκός υπήρξε η πρώτη γυναικεία ομάδα στην ιστορία του αθλήματος στη χώρα που κατέκτησε Triple Crown (Πρωτάθλημα, Κύπελλο και Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα). Κατέκτησε το πρωτάθλημα Α1 Εθνικής αήττητος για δεύτερη συνεχόμενη χρονιά. Στα πλαίσια του EuroCup Γυναικών, που η γυναικεία ομάδα μπάσκετ του Αθηναϊκού, την 1η Απριλίου2010 συμμετείχε στον πρώτο τελικό της διοργάνωσης νικώντας εκτός έδρας τη ρωσική Ναντέζντα Αρινμπούρκ με σκορ 65-57.[11] Ακολούθως, στις 8 Απριλίου2010, οπότε και έλαβε χώρα ο δεύτερος τελικός στο Κλειστό της Εργάνης, αν και ηττήθηκε 57-53 από τη Ναντζέντα, πανηγύρισε την κατάκτηση του τροπαίου, του πρώτου ευρωπαϊκού τίτλου που κατακτά ποτέ ελληνικός γυναικείος σύλλογος στην καλαθοσφαίριση.[12][13][14] Προπονητής της ιστορικής ομάδας ήταν ο Τζώρτζης Δικαιουλάκος, ενώ οι αθλήτριες που αγωνίστηκαν στους δύο τελικούς ήταν οι Δήμητρα Καλέντζου, Λολίτα Λύμουρα, Όλγα Χατζηνικολάου, Βακίνα Βολονάκη, Νικόλ Μπεθ Σούλις, Γκιντάρ Πετρονίτε, Πολύμνια Σαρέγκου, Κάντις Γουίγγινς, Αφροδίτη Κοσμά, Ρουθ Ράιλι και Ιρένε Βιζμπάριενε.[15]
Στις 18 Οκτωβρίου2010 ο σύλλογος, ως Κυπελλούχος Ευρώπης, αντιμετώπισε τη Σπάρτακ Μόσχας Περιχώρων, τροπαιούχο της Euroleague, στο Κλειστό του Αγίου Θωμά, στα πλαίσια του θεσμού του Super Cup Ευρώπης. Η αθηναϊκή ομάδα γνώρισε την ήττα με σκορ 70-61.[16][17]
Στις 12 Νοεμβρίου 2011, στον αγώνα πρωταθλήματος με την ΦΕΑ, η ομάδα του Αθηναϊκού κατέρριψε το αήττητο ρεκόρ του Άρη Θεσσαλονίκης, το οποίο κατείχε από την δεκαετία του 1980, και έγινε η μόνη ομάδα καλαθοσφαίρισης η οποία είναι αήττητη στα πρωταθλήματα της Α1 για περισσότερες από 81 σερί αγωνιστικές. Στις 18 Φεβρουάριου 2012, η Γυναικεία ομάδα του Αθηναϊκού, κερδίζοντας εκτός έδρας την ομάδα του Κρόνου Άγιου Δημητρίου, κατέρριψε το ιστορικό σερί του πανεπιστημίου του Connecticut φτάνοντας στην 91 συνεχόμενη νίκη.
Το 2012 η ομάδα κορασίδων του Αθηναϊκού κατέκτησε το πρωτάθλημα Α' κατηγορίας ΈΣΚΑ.
Δικαιουλάκος: «Το πλάνο πήγε περίπατο», συνέντευξη του Τζώρτζη Δικαιουλάκου, προπονητή της ομάδας που κατέκτησε το Triple Crown στη γυναικεία καλαθοσφαίριση το 2009-10.