Ο Αθηναϊκός διατηρεί τμήμα χειροσφαίρισης από τα τέλη της δεκαετίας του 1970, οπότε και διοργανώθηκε για πρώτη φορά επίσημο πανελλαδικό πρωτάθλημα. Κατά τη διάρκεια της πορείας τους, τόσο το ανδρικό όσο και το γυναικείο τμήμα διαγωνίστηκαν σε διάφορες περιστάσεις σε ευρωπαϊκές διοργανώσεις, όπως το Champions League Ανδρών και το Challenge Cup Γυναικών.[1]
Σήμερα το τμήμα χάντμπολ λειτουργεί σε ερασιτεχνικό επίπεδο, μετά από τη διάλυση των τμημάτων και την οικειοθελή απόσυρση από όλες τις κατηγόριες το 2006.[2]
Τον Οκτώβριο του 2015 ανακοινώθηκε η επαναλειτουργία του τμήματος μετά από 9 χρόνια αδράνειας. Η ανδρική ομάδα αναμένεται να αγωνιστεί στο Πρωτάθλημα της Β' Εθνικής.[3]
