Mit Inkrafttreten des Versailler Vertrages wurde der Regierungsbezirk Marienwerder der preußischen Provinz Westpreußen am 10. Januar 1920 aufgelöst. An die Zweite Polnische Republik fielen die Stadtkreise Graudenz und Thorn und die Landkreise Briesen, Culm, Konitz, Löbau, Schwetz, Strasburg i. Westpr. und Tuchel sowie der westlich der Weichsel gelegene Teil des Kreises Marienwerder. Die westlichen Kreise Flatow und Schlochau wurden bereits am 20. November 1919 der Regierungsstelle des Verwaltungsbezirks Grenzmark Westpreußen-Posen in Schneidemühl unterstellt.
Die östlich bei Deutschland verbliebenen Kreise Elbing (Stadt), Elbing (Land), Marienburg, Stuhm, Rosenberg und Marienwerder (soweit östlich der Weichsel gelegen) wurden zunächst einem Regierungspräsidenten mit Sitz in Marienwerder (Regierungsbezirk Marienwerder) und dem Oberpräsidenten in Königsberg i. Pr. unterstellt.
Am 24. Januar 1920 wurden die Kreise Marienburg, Marienwerder, Stuhm und Rosenberg vorübergehend der Interalliierten Kommission für Regierung und Volksabstimmung in Marienwerder unterstellt. Diese Kreise gehörten zum Abstimmungsgebiet Marienwerder, das über seine staatliche Zugehörigkeit abstimmen sollte. Bei der Volksabstimmung am 11. Juli 1920 entschieden sich über 92 Prozent für den Verbleib beim Deutschen Reich und gegen eine Abtretung an Polen. Am 16. August 1920 endete die Unterstellung unter die Interalliierte Kommission für Regierung und Volksabstimmung. Bis 1922 fanden noch geringfügige Grenzregulierungen mit Polen und der Freien Stadt Danzig statt.
Zum 1. Juli 1922 wurde der Regierungsbezirk Marienwerder in die Provinz Ostpreußen eingegliedert und aus Traditionsgründen in Regierungsbezirk Westpreußen umbenannt. Der Sitz des Regierungspräsidenten blieb in Marienwerder.
