Poinçon-lès-Larrey liegt etwa 76 Kilometer nordnordwestlich von Dijon und etwa 66 Kilometer ostnordöstlich von Auxerre. Umgeben wird Poinçon-lès-Larrey von den Nachbargemeinden Bouix im Norden und Nordosten, Cérilly im Osten und Südosten, Balot im Süden, Bissey-la-Pierre im Südwesten sowie Larrey im Westen und Nordwesten.