In Montbard wurde 1070 Aleth, die Mutter Bernhards von Clairvaux geboren. 1231 wurde die Siedlung Montbard zur Stadt erhoben. In der Burg hielten sich die Herzöge aus dem Haus Burgund häufig auf. 1590 wurde Montbard vom Graf von Tavannes bei dessen Kampf gegen den Herzog von Nemours belagert.
Montbard hat einen Bahnhof an der Bahnstrecke Paris–Lyon-Marseille, der 1851 nach der Insolvenz der Compagnie du chemin de fer de Paris à Lyon durch den französischen Staat eröffnet wurde. Von 1857 bis zu ihrem Aufgehen in der SNCF wurden Bahnhof und Strecke von der Compagnie des chemins de fer de Paris à Lyon et à la Méditerranée (PLM) betrieben. Am 5. Oktober 1962 ereignete sich nahe dem Bahnhof ein schweres Zugunglück; der TEE 1053 „Cisalpin“, ein Triebzug des Typs RAe TEE II, rammte mit 140 km/h auf dem Gleis stehengebliebene Güterwagen. Neun Tote und elf Verletzte waren zu beklagen.
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