Zoubek studierte ab 1996 Jazzklavier am Konservatorium der Stadt Wien. Er gründete das Quartett Ubik und nahm Unterricht bei Uli Scherer, bevor er sich an der Musikhochschule Wien einschrieb. 2000 zog er nach Köln, wo er bei Hans Lüdemann, Frank Gratkowski und Marc Ducret studierte. Seit 2004 gehörte Zoubek zu Achim Tangs Trio Torn, das 2011 in einer Quartettversion auf dem Moers Festival erfolgreich auftrat.[1] Er war Mitglied des James Choice Orchestra (Live at Moers, 2005) und des Trios Muche/Zoubek/Tang. Als Komponist trat Philip Zoubek bis 2005 mit seiner eigenen Formation Philz in Erscheinung. 2008 gründete er das Trio Z3 mit Benjamin Weidekamp und Christian Weber.
2015 veröffentlichte Zoubek sein Soloalbum Air[2]. Seit 2017 tritt er daneben mit dem Philip Zoubek Trio auf,[3] seit 2020 auch in einer elektronischen Variante unter dem Namen Placebo Domingo[4]. Zudem erweiterte er das Trio 2023 zum Sextett. Weiterhin tritt er mit den Projekten Tau 5[5], Silt und In Cahoots in Erscheinung. Zudem spielt Zoubek unter anderem bei Sebastian Gramss’ Slowfox[6], Emißatett[7] und dem Projekt States of Play[8].
2002 gewann Zoubek mit dem Projekt Cauldron den Kulturförderpreis der Stadt Herford und belegte 2003 den ersten Platz beim Bielefelder Kompositionswettbewerb für neue Medien (Bunker Ulmenwall).[10] Mit der Gruppe Snaut wurde er 2003 Preisträger des Avantgarde-Wettbewerbs für junge Kultur beim Düsseldorfer Altstadtherbst.[11] 2008 erhielt er das Horst und Gretl Will-Stipendium für Jazz / Improvisierte Musik der Stadt Köln;[12] 2020 in der Sparte Komposition den WDR Jazzpreis.[13] Von 2020 bis 2023 hatte Zoubek ein Stipendium als Nica-Artist durch das Europäischen Zentrum für Jazz und aktuelle Musik.[14]