Haupteinflüsse für sein Spiel sind Steve Lacy, Evan Parker und Anthony Braxton. Besonders in seinen Solo-Auftritten und in kleinen Besetzungen fällt die Reinheit seines Tones auf. Zugleich gilt Gratkowski aber auch als talentierter Klangforscher, dem die Erweiterung des Klang-Arsenals seiner Klarinetten und Saxophone, die Erforschung der Klangmöglichkeit jenseits der klassischen Tonerzeugung, sehr wichtig ist. Seine z. T. mikrotonal orientierten Kompositionen führt er auch mit dem Multiple Joy[ce] Orchestra auf.
Gratkowski ist Mitbegründer und Komponist des Ensembles Fo[u]r Alto (mit Christian Weidner, Benjamin Weidekamp und Florian Bergmann). Das Ensemble versteht sich als die Vervierfachung des Altsaxophons als einheitlicher Klangkörper. Kollektive Improvisationen verbinden sich mit den Kompositionen Gratkowskis. Dabei kommen unterschiedlichste Techniken zum Einsatz wie z. B. Spektralanalysen, intervallische mikrotonale Konzepte, diverse erweiterte Spieltechniken sowie flirrende, dichte Klangbänder, die durch die Multiplikation instrumentenbedingter Mehrklänge entstehen.
Eine wichtige Rolle spielt dabei die Konzeption einer räumlichen Musik. Ermöglicht es der Veranstaltungsort, positionieren sich die Musiker um das Publikum herum, um diesem einen multidirektionalen Musikgenuss zu vermitteln.[2] Er unterrichtete an den Musikhochschulen in Köln, Hannover und Berlin.
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