Oberniedermayrs Eltern waren Anton August Oberniedermayr (1864–1912), Leutnant in einem Bayerischen Infanterieregiment, und Mathilde Agnes Oberniedermayr geb. Groß (1870–1952). Anton Oberniedermayr war mit der Sängerin Magdalena Friederike geb. Walch verheiratet. Aus der Ehe stammen vier Kinder: Ferdinand, der Künstler Anton,[3] Hans und Magdalena.
Mit dem Verbot jeder ärztlichen Tätigkeit wurde Oberniedermayr 1945 durch die US-Amerikaner aller Funktionen enthoben. 1946 erhielt er eine Niederlassungsgenehmigung als praktischer Arzt in Ohlstadt. 1948 in einem Spruchkammerverfahren als Mitläufer eingestuft, durfte er wieder den Facharzttitel führen. Er gründete 1948 ein privates Kinderkrankenhaus in Oberammergau, dem er bis zu seiner Wiederernennung zum Professor und Universitätsdozenten 1952 vorstand. Ein Jahr später übernahm er erneut die Leitung der kinderchirurgischen Abteilung an der Universitätskinderklinik. Ab 1954 lebte er mit seiner Familie in Starnberg. Oberniedermayr erhielt 1959 ein planmäßiges Extraordinariat für Kinderchirurgie in München. 1963 gründete er die Deutsche Gesellschaft für Kinderchirurgie. Er wurde 1966 zum Ordinarius ernannt und 1968 emeritiert.
Bis 1933 hatte die deutsche Kinderchirurgie im internationalen Vergleich eine führende Rolle gespielt. Die wissenschaftliche Isolation während des Nationalsozialismus und die fast vollständige Zerstörung des Haunerschen Kinderspitals definierten die neuen Aufgaben des Wiederaufbaus in der Nachkriegszeit. Oberniedermayr verbesserte nach 1954 bereits bestehende Kontakte zu kinderchirurgischen Zentren in den USA, Schweden und Großbritannien und richtete eine eigene Anästhesieabteilung sowie ein Dysmeliezentrum für Kinder mit Missbildungen (durch Thalidomid verursacht, Contergan-Skandal) ein.
Er war Mitbegründer der modernen Kinderchirurgie in Deutschland, die nun eine eigene chirurgische Spezialdisziplin geworden war, und galt als bedeutender Chirurg. Sein Werk umfasst mehr als 100 wissenschaftliche Veröffentlichungen. Er führte die endotracheale Narkose bei kinderchirurgischen Eingriffen ein, entwickelte neue Operations- und Therapieverfahren. 1959 gelang ihm die erste erfolgreiche Trennung von Siamesischen Zwillingen (Xiphopagen). Schwerpunkte der chirurgischen Arbeit waren neurochirurgische Operationen (Hydrocephalus, subdurale Hämatome und Hygrome, Fehlbildungen bei Spina bifida, Schädel-Hirn-Trauma), urologische Operationen (Hypospadie, Phimosen), orthopädische Operationen (Hüftgelenkserkrankungen, Missbildungen), Bauchoperationen (Pankreas, Galle, Hernien, angeborene Zwerchfelldefekte und Bauchspalten) und plastische Operationen (Lippen-Kiefer-Gaumen-Spalten). Darüber hinaus war er Verfasser eines Lehrbuches der Chirurgie und Orthopädie des Kindesalters.
Berufspolitik
Oberniedermayr lud am 21. September 1957 westdeutsche Kinderchirurgen in das Dr. von Haunersche Kinderspital ein. Aus diesem Treffen entstand die Arbeitsgemeinschaft deutscher Kinderchirurgen, aus der 1963 die Deutsche Gesellschaft für Kinderchirurgie hervorging. Er war von 1963 bis 1964 der erste Präsident der Deutschen Gesellschaft für Kinderchirurgie und wurde 1967 zu ihrem ersten Ehrenpräsidenten ernannt.[8]