Kærn var søn af overlæge Hjalmar Nielsen Kærn (1879-1956) og Karen Bang (1876-1930). Han blev uddannet dr. med. gynækolog ved Københavns Universitet i 1939.
Kærn var medlem af DKP fra 1930'erne, han fik i foråret 1941 posten som kurér mellem Aksel Larsen og DKP's hemmelige radiogruppe. Gestapo arresterede ham i maj 1942, i marts 1943 han blev først idømt 7 måneders fængsel, men senere blev straffen skærpet til 10 måneders fængsel, hvor efter han blev interneret i Horserødlejren. I august 1943 var han iblandt de fanger det lykkes at flygte fra lejren, her efter blev han tilknyttet Frit Danmark som rejsesekretær på Fyn og i Syd- og Sønderjylland. Fra foråret 1944 afløste han Ib Nørlund som DKP's rejsesekretær.
