Thøger Thøgersen blev født som søn af snedkersvend Rasmus Thøgersen, der var medlem af Socialdemokratiet. Efter uddannelsen som sadelmager blev han i 1902 formand for Socialdemokratiets Ungdomsforbund. Under 1. verdenskrig kritiserede Thøgersen militærbevillingerne og blev som konsekvens ekskluderet af den lokale ledelse, anført af formand Frederik Borgbjerg.
Da kommunisterne i 1918 brød med Socialdemokratiet tog Thøgersen, Marie Nielsen og andre initiativ til stiftelsen af Socialistisk Arbejderparti, hvor Thøgersen blev formand. Efter stormen på Børsen i februar 1918 blev Thøgersen fængslet i 4 uger. De næste mange år blev han gentagne gange fængslet i både danske og tyske fængsler. Han er den politiske fange, der siden Grundlovens indførelse, har siddet længst tid i fængsel.[kilde mangler]
I 1919 var han med til at stifte Danmarks Venstresocialistiske Parti, det senere DKP. Han udgjorde sammen med Richard Jensen venstrefløjen af DKP. I 1927 blev han formand, men kæmpede en hård kamp mod højrefløjen, der anførtes af Aksel Larsen.
Med støtte fra Komintern i Moskva overtog Larsen ledelsen af DKP, mens Thøgersen fra 1931 og fem år frem blev sendt til Moskva for at blive omskolet.
I 1936 fik han på Richard Jensens opfordring lov til at vende hjem til Danmark. Her overtog han redaktørposten på DKP's avis.
Under 2. Verdenskrig blev han interneret i 1941 som led i kommunistforfølgelserne. Efter 2 år i Horserødlejren og 2 år i KZ-lejrenStutthof vendte han hjem, syg og afkræftet. Han døde i december 1947.