En els seus últims anys de vida Galeàs II abandonà els assumptes de govern en mans del seu germà Bernabé. No obstant això Joan Galeàs va obtenir en l'últim any de vida del seu pare el control de la part occidental dels dominis paterns, enfrontant-se a partir de 1378 amb el mateix Bernabé pel control de diversos territoris. Després d'enviudar de la seva primera esposa, Joan Galeàs intentà segellar la pau amb el seu oncle casant-se amb la filla d'aquest i cosina seva, Caterina Visconti. No obstant això les tensions amb el seu sogre (i oncle) van continuar.
El 1385 va decidir donar un cop d'efecte i feu capturar Bernabé, el qual fou empresonat i privat dels seus títols, passant en aquell moment a mans de Joan Galeàs. Per a respectar, encara que fos d'una manera aparent, la legalitat va aconseguir que s'obrís un procés judicial contra el seu sogre, amb l'excusa que aquest havia exercit de forma il·legítima el títol de senyor de Milà, ja que no l'hi havia estat concedit per l'emperador. El mes de desembre d'aquell mateix any Bernabé va morir en el seu confinament al castell de Trezzo sull'Adda, probablement enverinat.
Expansió territorial
El 1387 es va aliar amb el senyor de Pàdua, Francesc Novello de Carrara, que en aquell moment mantenia una guerra contra Antoni I della Scala. Joan Galeàs va intervenir en la confrontació a condició de reservar-se el posterior domini de la ciutat de Verona, adjudicant-se Francesco el control sobre Vicenza. No obstant això Joan Galeàs, aprofitant l'ocasió, es va apoderar de les dues, traint així l'aliança establerta i iniciant-se una sèrie d'hostilitats entre els dos antics aliats. El senyor de Milà va respondre creant una lliga en la qual se li van unir les ciutats més importants del Vèneto, i en les successives campanyes militars va ampliar contínuament el seu estat, arribant a incloure parts del Vèneto, Emília, Umbria i Toscana. En aquesta darrera regió va trobar una forta oposició de Florència, mentre va aconseguir conquerir Pisa, Siena i la propera Perusa.[1]
Florència va organitzar una segona lliga contra Milà, al costat del reiCarles VI de França, Francesc Novello, Bolonya i els Gonzaga. Tampoc aquesta vegada es van obtenir els resultats esperats per als enemics dels Visconti, ja que el 1397 les tropes milaneses van aconseguir entrar a la ciutat de Màntua. Aprofitant l'elecció del nou Rei dels RomansRobert d'Alemanya, ja que el seu predecessor Venceslau IV de Bohèmia havia estat deposat per haver concedit el ducat de Milà a Joan Galeàs a canvi de 100.000 florins d'or, es va formar una nova coalició contra els milanesos. No obstant això, les tropes del ducat aturaren l'avanç d'aquestes el 28 de juny a la ciutat de Bolonya.
Des del seu càrrec va destinar 300.000 florins d'or en les obres hidràuliques que van permetre desviar el curs dels rius Mincio i Brenta al seu pas per les ciutats de Màntua i Pàdua respectivament, a fi de millorar les condicions defensives d'ambdues ciutats. A ell correspon l'inici de les obres de construcció de la catedral de Milà i va fundar el monestir de Certosa de la ciutat de Pavia. També va realitzar millores en el palau d'aquesta última ciutat, començat a construir pel seu pare.
Tenia el somni d'unir tot el nord d'Itàlia en un sol regne però Bolonya i especialment la República de Florència l'obstaculitzaven, i en 1402 va llançar atacs a aquestes ciutats. La guerra era extremadament costosa per ambdós bàndols, però es creia que els milanesos sortirien victoriosos. La batalla de Casalecchio, en la que els bolonyesos van ser derrotats va tenir lloc el 26 de juny de 1402, a Casalecchio di Reno, prop de Bolonya. L'exèrcit bolonyès de Giovanni Bentivoglio, comandat per Muzio Attendolo Sforza es va oposar al de Visconti i els seus aliats, els Malatesta de Rimini i els Gonzaga de Màntua per aturar l'expansió del poder de Visconti. El comandant en cap era Alberico da Barbiano. Visconti va prendre Bolonya i el seu líder Giovanni Bentivoglio va ser assassinat dos dies després.[7] Visconti planejava assaltar Florència a continuació, però va emmalaltir el 10 d'agost.